结论：农业银行办理协商还款后晚一天是否算逾期，需分情况讨论，具体如下：

1. 协商还款协议中有明确宽限期条款
   若双方签订的协商还款协议中明确约定了宽限期（例如允许还款日后1-3日内还款不视为逾期），则晚一天还款属于协议允许范围，不构成逾期。此时银行不得以逾期为由收取违约金或上报征信。

2. 协商还款协议中未约定宽限期
   根据《商业银行信用卡业务监督管理办法》第七十条，协商还款的本质是银行与持卡人就还款计划达成新的合意。若协议未明确宽限期，则需以协议约定的还款日为准：

   • 若协议明确约定“逾期”定义（如“超过约定还款日24小时未还款视为逾期”），则晚一天还款构成逾期，银行可能收取违约金并上报征信；
     
   • 若协议未明确“逾期”定义，实践中银行通常以实际到账时间为准，但晚一天仍存在被认定为逾期的风险，需结合银行内部操作规范判断。

3. 银行实际操作中的容差政策
   部分银行在协商还款后可能存在内部容差政策（如允许1-2天缓冲期），但此类政策不具有强制性。若用户晚一天还款，建议立即联系银行客服，说明情况并要求豁免逾期记录。若银行拒绝，可依据协商还款协议条款主张权利。

行动建议：

• 立即查看协商还款协议文本，确认是否约定宽限期或逾期定义；
  
• 若协议未明确，第一时间联系农业银行客服，说明晚还款原因并要求豁免逾期记录；
  
• 保留与银行沟通的录音、聊天记录等证据，以备后续维权。
  

法律依据：

• 《商业银行信用卡业务监督管理办法》第七十条（协商还款的合法性）；
  
• 《民法典》第五百四十三条（合同变更需双方协商一致）。
  

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