宅基地自建房登记为单独所有是否合法，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 宅基地使用权归属：

   • 宅基地使用权通常归农村集体经济组织成员所有，且以户为单位进行分配。若宅基地使用权仅登记在一人名下，但该宅基地实际上是由家庭成员共同申请并使用的，那么该宅基地使用权应视为家庭共有。在此情况下，若将宅基地上的自建房登记为单独所有，可能涉及侵犯其他家庭成员的共有权益，因此可能不合法。
   • 若宅基地使用权确实仅归一人所有，且该人独立出资建造了房屋，那么该房屋作为宅基地使用权的附属物，其所有权可以归该人单独所有。在此情况下，将自建房登记为单独所有是合法的。

2. 房屋建造出资情况：

   • 如果房屋是由家庭成员共同出资建造的，即使宅基地使用权登记在一人名下，房屋的所有权也应视为家庭共有。此时，将房屋登记为单独所有可能侵犯其他出资人的权益，因此不合法。
   • 如果房屋是由宅基地使用权人独立出资建造的，且没有其他家庭成员的出资或贡献，那么房屋的所有权可以归该人单独所有，登记为单独所有是合法的。

3. 家庭协议或遗嘱情况：

   • 如果家庭成员之间有明确的协议或遗嘱，约定了宅基地及自建房的所有权归属，且该协议或遗嘱符合法律规定的形式和实质要件，那么应按照协议或遗嘱的约定来确定房屋的所有权。在此情况下，如果协议或遗嘱约定房屋归一人单独所有，那么登记为单独所有是合法的。

4. 登记程序合法性：

   • 无论房屋所有权最终归谁所有，进行不动产登记时都必须遵循法定的程序和要求。如果登记程序存在瑕疵或违法行为，如未经过必要的审批、未提供完整的证明材料等，那么即使房屋所有权实际上归一人所有，该登记也可能被认定为不合法。

法律建议：

• 在进行宅基地自建房登记时，应确保宅基地使用权的归属清晰明确，且房屋建造出资情况符合登记要求。
• 如果存在家庭共有情况或协议、遗嘱等约定，应确保相关文件合法有效，并在登记时提供充分的证明材料。
• 如果对登记程序或要求存在疑问，建议咨询当地不动产登记机构或专业律师，以确保登记的合法性和有效性。

可能法律后果：

• 如果将宅基地自建房错误地登记为单独所有，可能引发家庭内部纠纷或法律诉讼，导致房屋所有权归属的不确定性。
• 在极端情况下，如果登记行为被认定为违法或无效，可能面临房屋被收回、罚款或其他法律责任。

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