农村宅基地不动产权证上权利人登记为“单独所有”是合法的，但需结合宅基地使用权取得方式及家庭成员情况综合判断其合理性。具体分析如下：

1. 宅基地使用权登记为单独所有的合法性基础
   根据《民法典》第362条及《土地管理法》第62条，宅基地使用权具有身份属性，其取得需以“农村集体经济组织成员”身份为前提，且原则上以“户”为单位申请。但法律并未禁止宅基地使用权登记在单个家庭成员名下，实践中存在以下情形：

   • 家庭内部协议约定：若家庭成员通过书面协议明确宅基地使用权归某一成员单独所有（如分家析产协议），且经村委会备案或公证，登记机构可依据协议办理单独所有登记。
     
   • 历史遗留问题：部分地区在宅基地确权登记时，因家庭成员户籍迁移、死亡或放弃权利等原因，导致实际使用权人仅为一人，此时登记为单独所有具有事实依据。
     
   • 地方政策差异：部分省份（如浙江、广东）允许宅基地使用权随房屋继承转移至非集体经济组织成员，此时权利人可能登记为单独所有，但需满足“地随房走”原则且房屋未灭失。

2. 单独所有登记的潜在风险与限制

   • 对家庭成员权益的影响：若宅基地使用权登记为单独所有，但其他家庭成员仍保留集体经济组织成员身份且未明确放弃权利，可能引发内部纠纷。例如，子女成年后申请新宅基地时，可能因父母宅基地已登记为单独所有而被认定为“已有宅基地”而受限。
     
   • 流转限制：根据《土地管理法》第62条，宅基地使用权不得单独转让给非集体经济组织成员。即使登记为单独所有，权利人仍需遵守“房地一体”原则，即转让房屋时需同步转让宅基地使用权，且受让人需符合宅基地申请条件。
     
   • 继承问题：若权利人死亡且无其他集体经济组织成员继承，宅基地使用权可能因“人地分离”被集体收回，房屋按遗嘱或法定继承处理，但宅基地使用权本身无法继承。

3. 实务建议

   • 核查登记依据：若对登记为单独所有存疑，可向当地不动产登记中心申请查询登记档案，确认是否存在家庭协议、继承文件或政策依据。
     
   • 完善权利凭证：若家庭成员对宅基地使用权有共同权益，建议通过分家析产协议、公证遗嘱等方式明确权利归属，避免后续纠纷。
     
   • 关注地方政策：部分地区已试点宅基地“三权分置”（所有权、资格权、使用权），允许使用权通过出租、入股等方式流转，但需以登记为前提，建议及时了解当地政策动态。

总结：宅基地不动产权证登记为单独所有本身合法，但需结合家庭成员身份、协议约定及地方政策综合判断其合理性。若涉及权益争议或流转需求，建议进一步提供具体信息以便针对性分析。