公司和政府签订协议时，是可以使用合同章的。以下从多个角度为你详细分析：

1. 合同章的法律效力：

   • 合同章是公司专门用于签订合同的印章，具有法律效力。在签订合同时，使用合同章能够表明公司对合同内容的认可和承诺，是合同成立和生效的重要条件之一。

2. 公司与政府签订协议的特殊性：

   • 虽然政府作为公权力机关，在签订协议时可能更倾向于使用公章以体现其权威性和正式性，但这并不意味着合同章不能用于此类协议。实际上，只要协议内容合法、双方意思表示真实，且符合相关法律法规的规定，使用合同章签订的协议同样具有法律效力。
   • 政府与公司签订协议时，更关注的是协议的内容、条款以及双方的履约能力，而非仅仅关注印章的类型。因此，只要协议本身没有问题，使用合同章签订并不会影响协议的效力。

3. 实际操作中的建议：

   • 明确协议性质：在签订协议前，应明确协议的性质和目的，确保协议内容符合法律法规的规定，并明确双方的权利和义务。
   • 选择合适的印章：根据协议的性质和重要性，以及双方的习惯和偏好，选择合适的印章进行签订。如果协议较为重要或涉及较大金额，建议使用公章以增加协议的正式性和权威性；如果协议较为常规或金额较小，使用合同章也是可行的。
   • 确保印章真实有效：无论使用哪种印章，都应确保印章的真实性和有效性。避免使用伪造、变造或过期的印章，以免引发法律纠纷。

4. 可能的法律后果：

   • 如果使用合同章签订的协议内容合法、双方意思表示真实，且符合相关法律法规的规定，那么该协议具有法律效力，双方应按照协议约定履行义务。
   • 如果协议存在违法内容、双方意思表示不真实或违反相关法律法规的规定，那么即使使用了合同章，该协议也可能被认定为无效或可撤销。

总结与建议：公司和政府签订协议时，可以使用合同章。但为了确保协议的合法性和有效性，建议在签订前仔细审查协议内容、选择合适的印章，并确保印章的真实性和有效性。如果你在签订协议过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。