在交通限时通行中，如果处罚不能排除合理怀疑，那么通常不能直接作出处罚决定。以下从几个方面进行详细分析：

一、法律原则与合理怀疑

在法律程序中，“排除合理怀疑”是一个重要的原则，它要求在作出有罪判决或处罚决定时，必须确保所依据的证据足够确凿，以至于没有合理的怀疑空间。这一原则同样适用于交通违章的处罚决定。如果处罚决定所依据的证据存在合理怀疑，即证据不够确凿或存在其他可能性，那么就不能轻易地作出处罚决定。

二、交通限时通行的处罚依据

交通限时通行是为了缓解交通压力、保障道路畅通而采取的一种交通管理措施。对于违反交通限时通行规定的行为，交通管理部门有权进行处罚。然而，处罚必须基于确凿的证据，如监控录像、现场执法记录等，这些证据需要能够清晰地证明违章行为的存在。

三、不能排除合理怀疑的后果

1. 处罚决定可能被撤销：如果处罚决定所依据的证据存在合理怀疑，被处罚人有权提出异议，并可能通过法律途径撤销处罚决定。
2. 损害执法公信力：不能排除合理怀疑的处罚决定会损害交通管理部门的执法公信力，降低公众对交通法规的遵守意愿。
3. 引发法律纠纷：被处罚人可能会因此提起行政诉讼或行政复议，进一步增加法律纠纷和执法成本。

四、建议与措施

1. 加强证据收集：交通管理部门在作出处罚决定前，应确保收集到足够确凿的证据，以排除合理怀疑。这包括完善监控设施、提高现场执法记录的质量等。
2. 完善处罚程序：建立严格的处罚程序，确保处罚决定的作出过程公开、公正、透明。在处罚决定作出前，应给予被处罚人充分的陈述和申辩机会。
3. 加强法律宣传：通过媒体、网络等渠道加强交通法规的宣传力度，提高公众对交通法规的认知度和遵守意愿，从而减少违章行为的发生。

总结来说，在交通限时通行中，如果处罚不能排除合理怀疑，那么交通管理部门应谨慎作出处罚决定。为了确保处罚决定的合法性和公正性，必须加强证据收集、完善处罚程序，并加强法律宣传。如果您在交通违章方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。