针对您提出的“限时通行违规怎么处理”的问题，这通常取决于具体的限时通行规定以及违规的具体情况。不过，我可以根据一些常见的限时通行管理案例，如华强北货车限时通行区和开原市102线城区段大货车限行政策，来给您一个较为全面的解答。

一、限时通行违规的一般处理原则

在限时通行区域内，如果车辆未遵守规定的通行时间、次数或停留时长，通常会被视为违规。对于这类违规行为，交警部门一般会采取以下措施：

1. 警告处罚：在限行政策刚开始实施或过渡期内，交警部门可能会对违规车辆给予警告处罚，以提醒司机注意并遵守规定。

2. 罚款与记分：在正式执法阶段，对于违规车辆，交警部门会根据相关法律法规，对司机进行罚款，并可能记分。例如，在华强北货车限时通行区，违规车辆会被处以300元罚款，并记3分。

3. 电子抓拍与取证：为了确保限行政策的有效执行，交警部门通常会利用电子警察系统对违规车辆进行抓拍取证。这些电子设备会记录车辆的车牌号、违规时间、地点等信息，作为处罚的依据。

二、特殊情况的处理

在限时通行区域内，如果车辆因特殊原因（如交通事故、坏车等）导致停留超时，通常可以向交警部门申请撤销违法处罚。例如，在华强北货车限时通行区，如果因事故等原因引发大范围拥堵导致货车停留超时，统一不计入违法；因事故停车、坏车等意外原因造成超时的，可以向福田交警申请撤销违法处罚。

三、具体案例分析

1. 华强北货车限时通行区：

   • 管制范围：上步路、深南大道、华富路、红荔路围合范围内所有道路（不含4条边界道路）。
   • 管制时间：每个自然日的早10时至晚22时，货车每日限进入4次，每次限停留1小时。
   • 违规处理：4月1日起，对未遵守相关规定的货车处300元罚款，记3分。货车在片区内停车场停放时间也一并计入限行时长。

2. 开原市102线城区段大货车限行：

   • 限行时间：早晚高峰期（早7时至9时、晚16时至19时）。
   • 违规处理：利用电子警察系统对违规车辆进行抓拍取证，严格查处违规通行的外地大货车，对违规司机进行批评教育与相应处罚。

四、建议与提醒

1. 提前了解规定：在进入限时通行区域前，司机应提前了解该区域的限行规定，包括管制范围、管制时间、限行次数和停留时长等。

2. 合理规划行程：根据限行规定，合理规划行程，避免在限行时间内进入该区域或超过规定的停留时长。

3. 遵守交通规则：在行驶过程中，严格遵守交通规则，不超速、不闯红灯、不违规停车等。

4. 及时处理违规：如果因特殊原因导致违规，应及时向交警部门申请撤销违法处罚，并提供相关证据。

综上所述，限时通行违规的处理通常包括警告处罚、罚款与记分以及电子抓拍与取证等措施。在特殊情况下，可以向交警部门申请撤销违法处罚。为了确保自身权益和避免不必要的麻烦，建议司机在进入限时通行区域前提前了解规定并合理规划行程。