结论：公司其他部门使用员工的软考证书去投标，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，但一般情况下，这种行为可能涉及违法违规，存在较大的法律风险。

分析角度一：从证书使用的合法性来看

软考证书，即计算机技术与软件专业技术资格（水平）证书，是个人通过考试获得的，证明其在计算机技术与软件领域具备一定专业知识和技能的资格证书。证书的使用应当遵循相关的法律法规和行业规定，通常仅限于证书持有人本人在相关领域内使用。如果公司其他部门未经证书持有人同意，擅自使用其软考证书进行投标，这可能构成对证书持有人权益的侵犯，同时也可能违反了证书使用的相关规定。

分析角度二：从投标的合规性来看

在投标过程中，投标人需要提供真实、准确、完整的资料和信息，以证明其具备承接项目的能力和条件。如果公司其他部门使用员工的软考证书作为投标文件的一部分，而该员工并未实际参与项目或不具备相应的能力，那么这种行为就可能构成虚假投标或欺诈行为，违反了招投标法律法规的相关规定。

分析角度三：从公司管理和内部责任来看

公司作为投标主体，应当对其投标行为的合法性和合规性负责。如果公司其他部门擅自使用员工的软考证书进行投标，而公司未能及时发现和制止这种行为，那么公司也可能因此承担相应的法律责任。此外，如果这种行为给公司或他人造成了损失，公司还可能面临赔偿等法律后果。

法律建议：

1. 加强内部管理：公司应建立健全内部管理制度，明确证书使用的范围和程序，防止证书被滥用或盗用。

2. 增强法律意识：公司应加强对员工的法律培训和教育，提高员工的法律意识和合规意识，确保投标行为的合法性和合规性。

3. 及时咨询专业律师：如果公司对证书使用或投标行为存在疑问或不确定，应及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和指导。

可能后果：

如果公司其他部门擅自使用员工的软考证书进行投标，且该行为被认定为违法违规，那么公司可能面临招投标监管部门的处罚，包括但不限于罚款、取消投标资格等。同时，公司还可能因此承担民事赔偿责任，给公司带来不必要的经济损失和声誉损害。

因此，我建议公司在使用员工证书进行投标时，务必确保行为的合法性和合规性，避免因此产生不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。