核心结论：二十年前在土地上种树若未获三分之二村民同意，其合法性及后续处理需结合土地性质、种树主体、当时法律政策及现状综合判断，以下分情况说明：
一、若土地为集体所有且种树主体为村集体或村民
- 法律适用：二十年前主要适用《土地管理法》（1988年修订版）及《村民委员会组织法》（1988年试行版）。根据当时规定，集体土地使用需经村民会议或村民代表会议讨论决定，但未明确要求“三分之二同意”这一具体比例（现行《村民委员会组织法》第22条要求“双过半”，即到会人数过半、同意人数过半）。若当时村规民约或地方政策有更高要求（如三分之二同意），则需遵守；若无，则可能不构成违法。
- 处理建议：
- 查证当时决策程序：联系村委会或查阅会议记录，确认种树是否经村民会议讨论并形成决议。若程序合法（即使未达三分之二），一般可认定有效；若程序违法（如未开会、未通知村民），则可能面临撤销风险。
- 协商补救：若程序存在瑕疵但村民实际受益（如种树改善环境、增加收益），可与村民协商补签同意文件或通过其他方式弥补程序缺陷。
二、若土地为集体所有但种树主体为外部单位或个人
- 法律适用：根据《土地管理法》（1988年修订版）第2条，任何单位或个人使用集体土地需经县级政府批准，并需与村集体签订承包或租赁合同。若未履行审批手续或未签订合同，则属于违法用地。
- 处理建议：
- 补办手续：若土地用途符合规划且村民无异议，可向当地自然资源部门申请补办用地审批手续，并补签土地使用合同。
- 协商或诉讼：若村民反对，需与村集体协商解除合同或调整利益分配方案；若协商不成，可能面临村民起诉要求返还土地或赔偿损失的风险。
三、若土地为村民承包地且种树主体为承包户
- 法律适用：根据《土地管理法》（1988年修订版）第14条，承包户对承包地有经营自主权，包括种植树木，但需遵守合同约定（如不得改变土地用途）。若合同未禁止种树，则无需村民同意；若合同明确禁止或需村民同意，则需遵守。
- 处理建议：
- 审查承包合同：确认合同是否对种树有约定。若无约定或允许种树，则无需处理；若禁止或需同意，则需与村集体协商补签文件或停止种树。
- 调整利益分配：若种树影响其他村民利益（如遮挡阳光、占用公共空间），可协商补偿或调整种植方案。
四、若土地为国有但由村集体管理使用
- 法律适用：根据《土地管理法》（1988年修订版）第9条，国有土地由县级政府管理，村集体仅代为使用。若种树未获县级政府批准，则属于违法用地。
- 处理建议：
- 补办审批：向自然资源部门申请补办用地审批手续，并说明种树用途（如生态防护、公益林等）。
- 接受处罚：若未补办手续，可能面临罚款、没收地上附着物等处罚，需配合执法部门处理。
通用建议
- 收集证据：包括土地权属证明、种树合同、会议记录、村民签字文件等，以证明种树行为的合法性或合理性。
- 咨询当地部门：联系乡镇政府、自然资源部门或农业农村部门，了解当时政策及现行要求，确保处理方案符合规定。
- 协商优先：若涉及村民利益，优先通过协商解决，避免矛盾激化；若协商不成，可寻求调解或诉讼途径。
总结：二十年前种树未获三分之二村民同意的处理需结合土地性质、种树主体及当时法律政策综合判断。建议先查证决策程序、合同约定及审批手续，再根据具体情况选择补办手续、协商补偿或接受处罚。如有疑问，可进一步向我咨询具体细节。