结论：公司仅凭其他公司的门禁系统记录来认定员工未刷门禁即旷工，这一做法是否违法，需结合具体情况分析，不一定直接违法，但可能存在不合理或违法情形。以下从不同角度详细分析：
一、从证据效力角度分析
证据的关联性：
- 公司若使用其他公司的门禁系统记录作为旷工证据，首先需证明该记录与员工实际出勤情况具有直接关联性。若两家公司无关联，或员工并未被授权使用该门禁系统，则该记录与员工出勤无直接关联，不能作为有效证据。
证据的合法性：
- 证据的收集必须合法，不得侵犯员工的合法权益。若公司未经员工同意，擅自获取或使用其他公司的门禁系统记录，可能涉及侵犯员工隐私权或违反数据保护法规，该证据可能因此被认定为非法证据，不得作为定案依据。
二、从公司规章制度角度分析
规章制度的合理性：
- 公司规章制度应合理、合法，且明确告知员工。若公司规章制度中未明确规定使用其他公司门禁系统记录作为旷工的判定依据，或该规定本身不合理（如两家公司无业务往来，员工无理由使用该门禁系统），则公司以此为由认定员工旷工可能缺乏依据。
规章制度的执行：
- 即使公司规章制度中有相关规定，也需确保执行过程中的公平、公正。若公司仅对部分员工使用该规定，而对其他员工不适用，或存在其他不公平执行情形，则该规定可能因执行不当而被认定为无效。
三、从员工权益保护角度分析
员工的知情权：
- 员工有权知晓公司用于判定旷工的证据来源及依据。若公司未提前告知员工将使用其他公司门禁系统记录作为旷工判定依据，员工有权对此提出异议，并要求公司提供更合理的证据。
员工的申诉权：
- 若员工对公司认定的旷工事实有异议，应有权向公司提出申诉，并要求公司重新审查证据。公司应建立合理的申诉机制，确保员工的合法权益得到保障。
四、建议与措施
对于员工：
- 若公司以此为由认定你旷工，你首先应要求公司出示相关证据，并核实证据的合法性和关联性。
- 若认为公司行为不合理或违法，你可向公司提出书面异议，并保留相关证据（如门禁卡使用记录、工作记录等）以备后续维权。
- 若公司仍坚持认定你旷工，你可考虑向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于公司：
- 公司应确保用于判定旷工的证据合法、有效，并提前告知员工相关判定依据。
- 公司应建立合理的规章制度，并确保执行过程中的公平、公正。
- 若员工对旷工认定有异议，公司应积极回应并重新审查证据，避免引发不必要的劳动纠纷。
总结：公司仅凭其他公司的门禁系统记录来认定员工旷工，这一做法在证据效力、公司规章制度执行以及员工权益保护等方面均可能存在问题。若你遇到此类情况，建议根据上述分析采取相应措施，维护自己的合法权益。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。