结论：行政强制措施凭证上交警未填写档案编号，其合法性需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、档案编号的填写要求与目的
档案编号通常是行政机关在办理案件时，为了便于管理和查询而设定的一个唯一标识。在行政强制措施凭证上填写档案编号，有助于确保凭证的规范性和可追溯性，便于后续的管理和审查。然而，这并不意味着所有行政强制措施凭证都必须填写档案编号，其填写要求可能因地区、部门或具体规定而异。
二、未填写档案编号的合法性分析
若相关法规或规章明确要求填写档案编号：
- 在此情况下，交警未填写档案编号可能构成程序瑕疵，甚至可能影响行政强制措施的合法性。因为未按照规定填写必要信息，可能违反了法定程序，从而影响到行政行为的效力。
若相关法规或规章未明确要求填写档案编号：
- 在此情况下，交警未填写档案编号可能不构成程序违法。因为法律并未明确规定必须填写档案编号，所以交警的这一行为可能只是程序上的不严谨，但并不影响行政强制措施本身的合法性。
三、未填写档案编号的法律后果
对行政强制措施效力的影响：
- 如前所述，如果未填写档案编号违反了法定程序，那么该行政强制措施可能因程序违法而被撤销或确认无效。但这需要具体分析相关法规或规章的规定，以及未填写档案编号是否确实构成了程序违法。
对当事人权益的影响：
- 未填写档案编号本身通常不会直接损害当事人的合法权益。但如果因此导致行政强制措施被撤销或确认无效，那么当事人可能因此获得相应的法律救济，如恢复原状、赔偿损失等。
四、建议与措施
对于交警部门：
- 建议交警部门在填写行政强制措施凭证时，严格按照相关法规或规章的要求进行填写，确保凭证的规范性和可追溯性。如果确实存在未填写档案编号的情况，应及时进行补正或说明，以避免不必要的法律纠纷。
对于当事人：
- 如果当事人对行政强制措施凭证的合法性存在疑问，特别是关于档案编号的填写问题，可以及时向交警部门提出质疑或申请复议。如果认为交警的行为侵犯了自己的合法权益，还可以依法向人民法院提起行政诉讼。
进一步思考：在实际操作中，行政强制措施凭证的填写规范可能因地区、部门或具体案件而有所不同。因此，在判断交警未填写档案编号是否合法时，需要结合具体的法规或规章规定进行分析。如果对此存在疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。