行政诉讼中的申请国家赔偿期限与起诉期限确实存在区别，以下从几个方面为你详细阐述：
一、定义与性质
申请国家赔偿期限：
- 这是指赔偿请求人向赔偿义务机关提出国家赔偿请求的有效期限。根据《中华人民共和国国家赔偿法》第三十九条，赔偿请求人请求国家赔偿的时效通常为两年，自其知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算。但被羁押等限制人身自由期间不计算在内。
起诉期限：
- 这是指在行政诉讼中，原告向人民法院提起诉讼的有效期限。对于行政赔偿诉讼，起诉期限可能因具体情况而有所不同，如单独提起行政赔偿诉讼的，一般应在知道或应当知道行政行为侵犯其合法权益之日起六个月内提出；若在提起行政诉讼时一并请求行政赔偿，则适用行政诉讼法有关起诉期限的规定。
二、具体期限规定
申请国家赔偿期限：
- 一般情形：两年时效，从知道或应当知道侵权行为之日起计算。
- 特殊情况：若在赔偿请求时效的最后六个月内，因不可抗力或其他障碍不能行使请求权，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。
起诉期限：
- 单独提起行政赔偿诉讼：
- 若公民、法人或其他组织直接向人民法院单独提起行政赔偿诉讼，应当自知道或者应当知道行政行为侵犯其合法权益之日起六个月内提出。
- 若赔偿义务机关在规定期限内未作出是否赔偿的决定，赔偿请求人可以自期限届满之日起三个月内，向人民法院提起诉讼。
- 若赔偿请求人对赔偿的方式、项目、数额有异议，或者赔偿义务机关作出不予赔偿决定，赔偿请求人可以自赔偿义务机关作出赔偿或者不予赔偿决定之日起三个月内，向人民法院提起诉讼。
- 一并提起行政赔偿诉讼：在提起行政诉讼时一并提出赔偿请求的，适用行政诉讼法有关起诉期限的规定，通常为六个月。
三、法律后果
超过申请国家赔偿期限：
- 赔偿请求人可能丧失请求国家赔偿的权利，除非存在时效中止或中断的法定情形。
超过起诉期限：
- 人民法院将不予受理原告的起诉，原告将失去通过行政诉讼途径寻求救济的机会。
四、实务建议
- 及时行使权利：赔偿请求人应在知道或应当知道侵权行为之日起，及时向赔偿义务机关提出赔偿请求，并在必要时向人民法院提起诉讼，以避免超过法定期限。
- 注意时效中止与中断：在赔偿请求时效的最后六个月内，若因不可抗力或其他障碍不能行使请求权，应及时申请时效中止，并在障碍消除后继续计算时效期间。
- 咨询专业律师：在涉及复杂的行政赔偿诉讼时，建议咨询专业律师，以确保自己的合法权益得到充分保障。不过，作为靳海波律师，我可以直接为你提供专业的法律咨询，你有问题可以直接向我咨询。
总结来说，行政诉讼中的申请国家赔偿期限与起诉期限在定义、性质、具体期限规定以及法律后果等方面均存在区别。赔偿请求人应充分了解并遵守这些规定，以确保自己的合法权益得到有效保护。