关于甲方签合同委托乙方将合作款打给丙方是否会被查封的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要依据具体情况来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
合同效力与资金流向的合法性：
- 如果甲方与乙方、丙方之间的合同是合法有效的，且资金流向明确、用途合法，那么通常情况下，这笔合作款不会被查封。因为查封通常是对违法或涉嫌违法的财产采取的强制措施。
- 然而，如果合同存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫、恶意串通等），或者资金流向涉嫌违法（如洗钱、非法集资等），那么相关款项就有可能被司法机关查封。
第三方权益与查封风险：
- 如果丙方作为善意第三人，对甲方与乙方之间的合同关系以及资金流向并不知情，且没有参与任何违法行为，那么丙方接收的合作款通常不会被查封。因为查封需要基于明确的法律事实和证据，不能随意侵犯无辜第三方的权益。
- 但如果丙方明知或应知资金来源或用途违法，仍然接受并使用这笔款项，那么丙方就可能成为查封的对象，因为其行为可能构成共同违法或帮助违法。
司法程序与查封条件：
- 查封是司法机关在诉讼过程中采取的一种强制措施，需要满足一定的法律条件。例如，需要有明确的诉讼请求、证据支持以及法律依据等。
- 如果甲方、乙方或丙方中的任何一方涉及诉讼，且法院认为有必要对相关款项进行查封以保障诉讼的顺利进行或执行判决，那么相关款项就有可能被查封。
法律建议：
- 确保合同合法有效：在签订合同时，务必确保合同内容合法、条款明确、双方意思表示真实，以避免因合同无效或可撤销而引发的法律风险。
- 明确资金流向与用途：在合同中明确约定合作款的支付方式、支付时间、支付对象以及用途等，以确保资金流向的合法性和透明性。
- 关注第三方权益：如果涉及第三方接收款项，应确保第三方对合同关系及资金流向有充分了解，并避免与涉嫌违法的第三方进行交易。
- 及时咨询专业律师：如果面临查封风险或已经收到查封通知，应及时咨询专业律师，了解自身权益和应对策略，以便及时采取措施维护自身合法权益。
可能后果：
- 如果合作款被查封，可能导致合同无法履行、资金无法回笼、商业信誉受损等后果。
- 如果涉及违法行为，还可能面临行政处罚或刑事责任等更严重的法律后果。
总结来说，甲方签合同委托乙方将合作款打给丙方是否会被查封，取决于合同效力、资金流向的合法性、第三方权益以及司法程序等多个因素。因此，在签订和履行合同过程中，务必谨慎行事，确保合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。