关于“股权转让协议有多份以备案的为准吗”这一问题，结论是：并非所有情况下都以备案的股权转让协议为准，具体需根据协议内容、各方约定及实际履行情况综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、备案协议的法律效力
公示效力：向市场监督管理部门（如工商局）备案的股权转让协议，具有对外公示的效力。这意味着，对于公司外部的第三人而言，备案的协议内容是他们了解公司股权结构变化的重要依据。因此，在涉及外部第三人利益时，备案协议的内容往往具有更强的证明力。
非绝对效力：然而，备案并不意味着备案的协议就绝对优先于其他未备案的协议。如果各方在签订股权转让协议时，明确约定了以某份非备案协议为准，或者在实际履行过程中，各方均按照非备案协议的内容执行，那么非备案协议同样具有法律效力。
二、协议份数与效力判断
多份协议的内容一致性：如果多份股权转让协议的内容完全一致，那么无论哪份协议被备案，都不会影响协议的法律效力。此时，各方可以依据任何一份协议来主张权益或履行义务。
多份协议的内容不一致性：如果多份股权转让协议的内容存在不一致，那么就需要根据各方签订协议的时间顺序、实际履行情况以及各方之间的约定等因素来综合判断哪份协议具有优先效力。一般来说，如果后签订的协议对前签订的协议进行了修改或补充，且各方均按照后签订的协议执行，那么后签订的协议往往具有优先效力。
三、实践建议
明确约定：在签订股权转让协议时，各方应明确约定以哪份协议为准，或者约定在协议内容存在不一致时如何处理。这样可以避免未来因协议内容不一致而产生的纠纷。
妥善保管：无论协议是否备案，各方都应妥善保管好自己持有的协议原件。因为协议原件是主张权益、履行义务的重要依据，一旦丢失或损坏，可能会给各方带来不必要的麻烦。
及时备案：虽然备案不是协议生效的必要条件，但为了保障交易的公开性和透明度，以及维护市场秩序和交易安全，建议各方在签订股权转让协议后及时向市场监督管理部门进行备案。
举例说明：假设A公司股东甲将其持有的股权转让给乙，双方签订了两份股权转让协议，一份用于公司留存，一份用于市场监督管理部门备案。但后来双方又签订了一份补充协议，对原协议中的某些条款进行了修改。在这种情况下，如果各方均按照补充协议的内容执行，且补充协议中未明确约定以原备案协议为准，那么补充协议就具有优先效力。即使原备案协议与补充协议内容不一致，也应以补充协议为准。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。