控股企业的公司章程确实可以存在除《公司法》规定的修改公司章程、增加或者减少注册资本之外的其他内容。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

1. 公司章程的自治性：

   • 公司章程是公司内部的“宪法”，它规定了公司的组织结构、运营方式、股东权利与义务等核心内容。根据《公司法》的相关规定，公司章程具有自治性，即公司可以在不违反法律、行政法规强制性规定的前提下，根据自身的实际情况和需要，制定符合自身特色的公司章程。
   • 因此，控股企业的公司章程不仅可以包含《公司法》明确规定的修改公司章程、增加或者减少注册资本等事项，还可以根据公司的实际情况，增加其他需要规定的内容，如股东会的议事规则、董事会的职责与权限、高级管理人员的选聘与解聘等。

2. 公司章程与《公司法》的关系：

   • 《公司法》为公司章程的制定提供了基本的框架和原则，但并未限制公司章程的具体内容。只要公司章程的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害社会公共利益和他人合法权益，就是有效的。
   • 控股企业作为公司的一种特殊形式，其公司章程的制定同样需要遵循这一原则。即，在遵守《公司法》基本规定的前提下，控股企业可以根据自身的实际情况和需要，制定更加详细、具体的公司章程。

3. 控股企业公司章程的特别规定：

   • 控股企业由于其特殊的组织结构和运营方式，可能需要在公司章程中增加一些特别规定。例如，关于控股股东的权利与义务、关联交易的决策程序、子公司管理等方面的规定。
   • 这些特别规定有助于明确控股企业内部各方的权利与义务，规范公司的运营行为，保护股东和其他利益相关者的合法权益。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在制定控股企业的公司章程时，应充分考虑公司的实际情况和需要，确保公司章程的内容既符合《公司法》的规定，又能满足公司运营的实际需求。
   • 同时，公司章程的制定应遵循公平、公正、公开的原则，确保各方股东的合法权益得到充分保障。
   • 此外，公司章程的修改也应遵循法定程序，确保修改过程的合法性和有效性。

建议：如果您在制定或修改控股企业的公司章程时遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况和需求，为您提供专业、全面的法律建议和帮助。