该情况可能涉及多个法律问题，核心结论是员工可通过以下途径处理劳动纠纷，具体需结合实际情况判断：
确认劳动关系主体
若老板5年内通过3家不同公司为员工缴纳社保，需先明确员工实际工作的主体公司（可通过劳动合同、工资发放记录、考勤记录等证据确定）。若实际工作单位与社保缴纳单位不一致，可能涉及以下情形：
- 关联公司混同用工：若3家公司存在股权关联、实际控制人相同或业务混同，员工可主张所有关联公司承担连带责任，要求确认与其中一家或多家公司的劳动关系。
- 社保代缴违法：根据《社会保险法》，社保应由用人单位缴纳。若公司通过第三方代缴社保，员工可要求公司补缴或赔偿损失（如影响社保待遇的差额部分）。
劳动纠纷处理路径
- 协商或调解：优先与公司协商，或通过劳动监察部门、工会等第三方调解，要求补缴社保、支付经济补偿等。
- 劳动仲裁：若协商无果，可向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动仲裁委申请仲裁，主张：
- 确认劳动关系（若存在争议）；
- 补缴社保（需向社保部门投诉，仲裁委一般不直接处理补缴问题，但可确认劳动关系后由社保部门追缴）；
- 支付未签劳动合同双倍工资（若未签书面合同）；
- 支付经济补偿（如公司违法解除劳动合同或未依法缴纳社保导致员工离职）。
- 诉讼：对仲裁结果不服的，可向法院提起诉讼。
关键证据收集
- 证明劳动关系的证据：劳动合同、工资流水、工作证、考勤记录、工作邮件等；
- 证明社保缴纳情况的证据：社保缴费记录（可通过社保局或线上平台查询）；
- 其他证据：如公司通知、聊天记录等证明公司存在违法行为的材料。
注意事项
- 时效性：劳动仲裁时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算（如离职后1年内申请）；
- 社保补缴：需先向社保部门投诉，由社保部门责令公司补缴，若公司不履行，可申请法院强制执行；
- 经济补偿：若因公司未依法缴纳社保导致员工离职，员工可主张经济补偿（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
建议：员工可先整理相关证据，明确诉求（如补缴社保、支付补偿等），再根据实际情况选择协商、仲裁或诉讼途径。若涉及复杂情况（如关联公司混同用工），建议进一步咨询以制定具体方案。