结论：是否违法拔掉邻居偷偷种在自家宅基地上的果苗，需视具体情况而定。若您拥有宅基地的合法使用权，且邻居的行为构成侵权，您在合理范围内拔掉果苗通常不违法；但若处理方式不当或存在其他特殊情况，则可能涉及违法。

详细分析：

1. 宅基地使用权：

   • 根据我国相关法律规定，宅基地使用权人依法对集体所有的土地享有占有和使用的权利，有权依法利用该土地建造住宅及其附属设施。因此，若您拥有该宅基地的合法使用权，您有权决定如何使用该土地，包括阻止他人在其上种植作物。

2. 邻居的行为性质：

   • 邻居未经您同意，偷偷在您的宅基地上种植果苗，这一行为可能构成对您宅基地使用权的侵犯。您有权要求邻居停止侵害、排除妨碍，并恢复原状。

3. 拔掉果苗的合法性：

   • 合理自救：在紧急情况下，为了防止损失扩大或保护自己的合法权益，您可以采取合理的自救措施，如拔掉果苗。但这种自救行为应当适度，不得超过必要的限度，以免造成不必要的损失或引发新的纠纷。
   • 非紧急情况：在非紧急情况下，建议您先与邻居进行沟通协商，要求其停止侵权行为并恢复原状。若协商无果，您可以考虑通过法律途径解决纠纷，如向村委会、乡镇政府等有关部门投诉或提起民事诉讼。

4. 可能涉及的法律后果：

   • 若您拔掉果苗的行为被认定为过度自救或故意毁坏财物，且邻居能够证明其因此遭受了损失，您可能需要承担相应的民事赔偿责任。
   • 若邻居的行为构成犯罪（如故意毁坏财物罪等），且您拔掉果苗的行为是在正当防卫或紧急避险的范围内进行的，则您无需承担法律责任。但这种情况较为罕见，且需要严格的法律条件支持。

建议：

• 保留证据：在处理此类纠纷时，建议您先保留好相关证据，如宅基地使用权证、现场照片、视频等，以便在需要时证明自己的权益。
• 沟通协商：尽量与邻居进行友好沟通协商，寻求和解的可能性。这有助于维护邻里关系和谐稳定。
• 寻求法律帮助：若协商无果或纠纷复杂难以解决，建议您及时咨询专业律师（即我，林卫律师，专注于经济纠纷、房产纠纷领域），以便获得更具体的法律建议和帮助。

总之，在处理此类纠纷时，请务必保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。