结论：合同履行已三年多，一方一开始便违约但对方一直未提出异议，并不直接等同于对方已放弃追究违约责任的权利。是否放弃追究，需结合具体情况和法律规定来判断。

分析角度一：合同条款与违约责任

1. 合同条款的明确性：首先，需要审查合同中关于违约责任的条款。如果合同中明确规定了违约方应承担的责任，以及守约方在发现违约后应采取的措施（如提出异议、索赔等），那么这些条款将作为判断守约方是否放弃追究违约责任的重要依据。

2. 违约责任的性质：违约责任通常包括继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。如果违约行为持续存在，且守约方未提出异议，这并不意味着守约方放弃了要求违约方继续履行或采取补救措施的权利。同样，对于赔偿损失的责任，除非守约方明确表示放弃，否则违约方仍需承担。

分析角度二：法律对诉讼时效的规定

1. 诉讼时效的起算：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在合同纠纷中，如果一方违约，另一方通常从知道或应当知道违约行为发生之日起开始计算诉讼时效。

2. 诉讼时效的中断与延长：如果守约方在诉讼时效期间内采取了向违约方提出异议、索赔等措施，或者违约方承认违约事实并同意承担责任，这些都可能导致诉讼时效的中断或延长。然而，如果守约方一直未提出异议，且没有其他导致诉讼时效中断或延长的情形，那么诉讼时效可能会逐渐届满。

3. 诉讼时效届满的后果：诉讼时效届满后，守约方虽然仍可以向法院提起诉讼，但违约方可以提出诉讼时效抗辩，导致守约方丧失胜诉权。然而，这并不意味着守约方完全放弃了追究违约责任的权利，因为双方仍可以通过协商、调解等方式解决纠纷。

分析角度三：守约方的实际行为与意思表示

1. 守约方的沉默：守约方一直未对违约行为提出异议，可能被视为对违约行为的默许或接受。然而，这种沉默并不一定构成对违约责任的放弃。在某些情况下，守约方可能由于各种原因（如希望继续合作、避免纠纷升级等）而选择暂时不提出异议。

2. 守约方的明确表示：如果守约方通过书面或口头方式明确表示放弃追究违约责任的权利，那么这将构成对违约责任的明确放弃。然而，在没有明确表示的情况下，不能仅凭守约方的沉默就推断其放弃了追究违约责任的权利。

建议：

• 对于违约方而言，不应因守约方一直未提出异议就认为可以免除违约责任。违约方应主动与守约方沟通，寻求解决方案，以避免潜在的纠纷和法律风险。
• 对于守约方而言，如果希望追究违约方的责任，应及时采取措施（如提出异议、索赔等），并在诉讼时效期间内提起诉讼或采取其他法律手段维护自己的权益。如果确实希望放弃追究违约责任的权利，也应通过明确的方式表示出来，以避免后续纠纷。

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