在自然保护区内修路，若违反相关法律法规，主要由林业主管部门或环境保护主管部门进行处罚。以下是对此问题的详细分析：

1. 处罚主体：

   • 林业主管部门：根据《中华人民共和国自然保护区条例》的相关规定，自然保护区的管理工作由林业主管部门负责。若在自然保护区内未经批准修路，破坏了自然保护区的生态环境或自然资源，林业主管部门有权进行处罚。
   • 环境保护主管部门：环境保护主管部门也负责自然保护区的环境保护工作。若修路行为对自然保护区的环境造成了污染或破坏，环境保护主管部门同样有权进行处罚。

2. 处罚依据：

   • 《中华人民共和国自然保护区条例》：该条例明确规定了自然保护区的设立、管理、保护以及违法行为的处罚等内容。若在自然保护区内未经批准修路，将依据该条例的相关规定进行处罚。
   • 《中华人民共和国环境保护法》：该法规定了环境保护的基本原则、制度以及违法行为的法律责任等。若修路行为违反了环境保护法的相关规定，也将受到相应的处罚。

3. 处罚措施：

   • 责令停止违法行为：对于未经批准在自然保护区内修路的行为，主管部门有权责令停止违法行为，恢复原状。
   • 罚款：根据违法行为的严重程度和造成的后果，主管部门可以对违法行为人处以罚款。罚款的数额将依据相关法律法规的规定确定。
   • 其他处罚：在严重情况下，主管部门还可以采取其他处罚措施，如吊销许可证、责令停产停业等。

4. 特殊情况：

   • 若修路行为涉及多个部门的管理职责，如同时涉及林业和环境保护，则可能由多个部门联合进行处罚。
   • 若修路行为构成犯罪，如非法占用农用地罪、破坏环境资源保护罪等，则将依法追究刑事责任。

建议：在自然保护区内修路前，应充分了解相关法律法规的规定，确保修路行为符合法律法规的要求。若确实需要修路，应依法办理相关审批手续，避免违法行为带来的法律风险。若遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。