借款人可以提出抗辩，但需根据借款协议中违法内容的具体情况来判定抗辩理由是否成立。以下从不同角度进行分析：

1. 违法内容的具体性质：

   • 如果借款协议中的违法内容涉及高利贷（即利率超过了法定上限），根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，借款人可以主张超出法定利率部分的利息无效，甚至可能要求返还已支付的超额利息。在此情况下，借款人提出抗辩是合理且合法的。
   • 如果违法内容涉及其他非法目的，如洗钱、赌博等，那么整个借款协议可能因违反法律强制性规定或公序良俗而被认定为无效。借款人同样可以提出抗辩，主张借款协议无效，从而免除还款责任（但需注意，因无效合同取得的财产应当返还，若借款人已实际取得借款，可能仍需返还本金）。

2. 抗辩的提出时机与方式：

   • 借款人应在收到出借人的起诉状后，在法定的答辩期内向法院提交书面答辩状，明确提出抗辩理由及依据。
   • 借款人需准备相关证据来支持其抗辩主张，如证明利率过高的证据、证明借款用途非法的证据等。

3. 法律后果：

   • 如果借款人的抗辩理由成立，法院可能会判决驳回出借人的部分或全部诉讼请求，或者确认借款协议无效。
   • 如果借款人的抗辩理由不成立，法院则会支持出借人的诉讼请求，判决借款人按照借款协议的约定履行还款义务。

4. 实际操作建议：

   • 借款人在面对出借人的起诉时，应保持冷静，及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务。
   • 借款人应仔细审查借款协议，找出其中可能存在的违法内容，并收集相关证据。
   • 在提出抗辩时，借款人应确保抗辩理由合法、合理，且证据充分，以提高抗辩的成功率。

举例说明：假设借款协议中约定的年利率为36%，而当时法定利率上限为24%。在此情况下，借款人可以提出抗辩，主张超出24%部分的利息无效。如果借款人能够提供证据证明实际支付的利息超过了24%，那么法院可能会支持借款人的抗辩主张，判决出借人返还超额支付的利息。

总结与建议：借款人在面对出借人依据含有违法内容的借款协议提起的诉讼时，应积极提出抗辩，并根据违法内容的具体情况准备相应的证据和理由。同时，借款人也可以考虑与出借人进行协商，寻求和解或调解的可能性，以降低诉讼成本和风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。