结论前置：发票金额和付款金额不一致并不总是违法，但其合法性取决于具体的交易背景、目的以及后续处理情况。若此行为导致税收流失、掩盖真实交易情况或存在其他违法目的，则可能触犯法律。
一、发票金额与付款金额不一致的常见原因及合法性分析
商业折扣与优惠：
- 情况说明：商家为促销给予购买方折扣或优惠，导致发票金额高于实际付款金额。例如，商品原价1000元，商家给予10%的折扣，实际付款900元，但发票仍按1000元开具（可能注明折扣情况）。
- 合法性分析：这种行为符合商业习惯和财务规范，不构成违法。但需注意，发票上应如实反映折扣情况，以便税务机关核查。
退货与换货：
- 情况说明：交易完成后发生退货或换货，但发票未及时调整。例如，购买方退货部分商品，但销售方未相应减少发票金额。
- 合法性分析：若退货或换货后未及时调整发票金额，可能导致发票金额与实际交易不符。此时，销售方应及时更正发票，以避免潜在的税务风险。
税费调整：
- 情况说明：税率变化导致发票金额与实际付款金额（含税）有差异。例如，交易时税率为13%，但开具发票时税率调整为11%，导致发票金额与实际付款金额不一致。
- 合法性分析：这种差异是由于税率变化导致的，属于合法情况。但销售方在开具发票时应按照最新的税率进行计算，并确保发票金额与实际交易相符。
计算或操作失误：
- 情况说明：财务人员在计算、录入系统或开具发票时出现错误，导致发票金额与付款金额不一致。
- 合法性分析：这种差异是由于人为失误导致的，不构成违法。但销售方应及时发现并更正错误，以避免给购买方和自身带来不必要的麻烦。
故意为之（违法情况）：
- 情况说明：部分商家可能存在虚开发票以逃避税收、掩盖真实交易情况或进行其他违法活动的行为。例如，故意少开发票金额以减少应纳税额，或开具与实际交易不符的发票以进行商业贿赂。
- 合法性分析：这种行为违反了《中华人民共和国税收征收管理法》、《中华人民共和国发票管理办法》等相关法律法规的规定，构成偷逃税款、虚开发票等违法行为。税务机关将追缴不缴或少缴的税款，并处以罚款；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
二、发票金额与付款金额不一致的法律后果及应对建议
法律后果：
- 税务风险：发票金额与付款金额不一致可能导致税务机关对交易的真实性产生质疑，进而引发税务稽查或调查。若被认定为虚假交易或存在税务风险，企业可能无法正常抵扣进项税额，还可能面临补缴税款、滞纳金和罚款等处罚。
- 法律纠纷：发票和付款金额不一致可能引发交易双方的合同纠纷。合同约定的金额与发票、付款金额存在差异时，双方可能对交易金额、货物或服务的数量、质量等方面产生争议，增加企业的法律成本和时间成本。
应对建议：
- 加强财务管理和内部控制：企业应建立健全的财务管理制度和内部控制机制，加强对发票和付款的管理和监督，确保两者的一致性。
- 及时沟通协商：发现发票金额与付款金额不一致时，应及时与交易对方沟通，查明原因并进行相应处理。如属发票开具错误，应要求对方重新开具正确的发票；如因折扣、折让等原因导致差异，应签订相关协议并进行账务处理，确保财务和税务处理的合规性。
- 保留证据：在整个处理过程中保留好相关证据，如发票、付款凭证、沟通记录等，以便在发生纠纷时提供有力的证据支持。
- 寻求法律帮助：若因发票金额与付款金额不一致引发法律纠纷或面临税务处罚时，应及时向我咨询或寻求其他专业法律帮助，以维护自身的合法权益。
三、特殊情况下的处理原则
发票金额大于付款金额：
- 处理原则：购买方应按实际支付金额入账，并确保发票金额与实际交易相符。若发票金额大于实际支付金额且无法更正时，购买方应在财务报表中进行必要的注释和说明。
发票金额小于付款金额：
- 处理原则：销售方应及时补开发票或调整账目以确保发票金额与实际交易相符。若无法补开发票时，销售方应与购买方协商处理并保留相关证据以避免潜在的税务风险和法律纠纷。
综上所述，发票金额和付款金额不一致并不总是违法，但企业和个人在进行交易时应严格遵守相关法律法规的规定，确保发票金额与实际交易相符以避免潜在的税务风险和法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。