发货超时赔付是否违法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度对发货超时赔付合法性的分析：
合同约定角度：
- 如果货物买卖合同中明确约定了发货时间以及超时发货的赔付条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么当发货方超时发货时，按照合同约定进行赔付是合法的。这种赔付行为是基于双方自愿达成的合同条款，具有法律约束力。
规章制度角度：
- 如果发货方（如商家或物流公司）有制定关于发货时间的规章制度，并且该制度经过了合法的制定程序（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并已公示或告知相关人员），那么在该制度下对超时发货进行赔付也是合法的。但前提是该制度的内容必须合理，且不违反法律法规的强制性规定。
违法情况分析：
- 赔付条款不公平或违法：如果合同中的赔付条款存在不公平、不合理或违反法律法规的情况，如赔付金额过高、赔付条件过于苛刻等，那么该条款可能被认定为无效。在这种情况下，发货方依据该条款进行的赔付行为可能会被视为违法。
- 实质为克扣货款或费用：如果发货方以超时发货为由进行不合理的高额赔付，导致收货方实际支付的货款或费用低于合理水平，或者赔付金额过高，严重影响了收货方的正常经营或生活，这种赔付行为实质上可能是克扣货款或费用，是违法的。
- 违反公平原则：如果超时发货并非发货方的主观故意或重大过失，而是由于不可抗力、意外事件或者收货方自身原因（如收货地址变更未及时通知发货方等）导致的，发货方仍然要求赔付，这种做法可能违反了公平原则，也可能被认定为违法。
建议与注意事项：
- 在签订货物买卖合同时，双方应明确约定发货时间、超时发货的赔付条款以及赔付方式等，以确保合同的合法性和有效性。
- 发货方应制定合理的发货时间规章制度，并确保该制度的制定过程合法、内容合理，并在合同中明确约定相关条款。
- 如果收货方对发货超时赔付有异议，应及时与发货方沟通协商，寻求解决方案。如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决争议。
可能涉及的法律后果：
- 如果发货超时赔付行为被认定为违法，发货方可能需要承担返还赔付金额、赔偿损失等法律责任。
- 在严重情况下，发货方还可能面临行政处罚或刑事责任等法律后果。
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