合作协议和补充协议在内容冲突时，一般以补充协议为准，但具体还需根据多种因素综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则：补充协议效力优先
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以协商一致变更合同。补充协议作为对原合作协议的补充或变更，只要内容合法、真实有效，即具有法律效力。在补充协议与原合作协议内容不一致时，通常应以补充协议的约定为准，这体现了双方在新的情况下达成的新共识。
举例：假设甲乙双方签订了一份合作协议，约定共同投资开发一个项目，并明确了各自的投资比例和收益分配方式。后来，由于市场环境变化，双方又签订了一份补充协议，调整了投资比例和收益分配方式。在这种情况下，如果双方就投资比例或收益分配产生争议，应以补充协议的约定为准。
二、特殊情况：原合作协议可能继续有效
尽管补充协议通常具有优先效力，但在以下情况下，原合作协议可能继续有效：
补充协议无效：若补充协议存在欺诈、胁迫、恶意串通、损害国家/集体/第三人利益、违反法律法规强制性规定等情形，该补充协议将被认定为无效。此时，应依据原合作协议执行。
原合作协议特殊约定：如果原合作协议中明确规定了“本协议内容不得通过补充协议进行变更”或类似条款，且这些条款合法有效，那么在补充协议与原合作协议发生冲突时，可能仍需以原合作协议为准。但此类约定的有效性可能会受到法律的严格审查，以确保其不违背公平原则和法律规定。
部分补充：若补充协议明确仅对原合作协议的某些特定条款进行补充，未涉及的原合作协议条款仍然有效。例如，双方仅就合作项目的某一部分进行了补充约定，而其他部分仍按原合作协议执行。
三、综合考量因素
在处理合作协议与补充协议的冲突时，还需综合考虑以下因素：
签订时间：补充协议的签订时间通常晚于原合作协议，反映了双方对原合作协议内容的最新共识。在判断以谁为准时，应考虑补充协议的签订时间及双方的真实意图。
双方意图：若补充协议更能体现双方的最新意愿和实际情况，则其效力应得到优先认可。例如，双方在补充协议中明确表示了对原合作协议的某些条款进行变更，并说明了变更的原因和目的。
合同内容、交易习惯和行业惯例：在处理争议时，还需考虑合同的具体内容、双方的交易习惯和行业惯例。这些因素有助于更准确地理解双方的意图和合同的真实含义。
相关法律法规：在处理合作协议与补充协议的冲突时，必须遵守相关法律法规的规定。如果补充协议的内容违反了法律法规的强制性规定，那么该补充协议将被认定为无效。
四、建议与措施
仔细审查合同条款：在签订合作协议和补充协议时，双方应仔细审查合同条款，确保合同内容明确、合法、有效。特别是对于可能产生争议的条款，应进行充分协商和明确约定。
保留相关证据：在合作过程中，双方应保留好与合同相关的所有证据，如邮件、短信、聊天记录等。这些证据在处理争议时可能起到关键作用。
及时寻求法律帮助：如果双方无法就争议问题达成一致，建议及时寻求法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助双方维护合法权益。
总之，合作协议和补充协议在内容冲突时的处理原则并非绝对，而是需要根据具体情况进行综合判断。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。