结论前置：起诉总公司和分公司在法律上确实存在区别，主要体现在诉讼主体、责任承担以及诉讼策略的选择上。以下是对这些区别的详细分析：
一、诉讼主体的区别
分公司作为被告：
- 分公司作为总公司的附属机构，虽然可以独立参与民事活动，但在法律上不具有独立的法人资格。因此，在诉讼中，分公司可以作为被告，但其民事责任最终由总公司承担。
- 当分公司拥有相对独立的财产，且纠纷主要基于分公司自身的经营活动产生时，分公司可单独作为被告。若分公司有能力承担民事责任，法院可直接判决其承担责任；若不能，则涉及总公司的责任承担。
总公司作为被告：
- 总公司作为具有独立法人资格的主体，可以直接作为诉讼的被告。在涉及分公司纠纷的案件中，如果纠纷因总公司的决策或控制行为导致，而分公司仅是执行者，那么总公司可以直接作为被告，承担相应的法律责任。
总公司与分公司作为共同被告：
- 在某些情况下，为了确保原告的权益得到充分保障，法院可能会将总公司和分公司列为共同被告。这通常发生在分公司的财产不足以承担全部民事责任时，如巨额赔偿案件。法院会判决分公司先以其管理的财产承担责任，不足部分由总公司承担补充清偿责任。
二、责任承担的区别
分公司责任：
- 分公司以其管理的财产承担民事责任。如果分公司的财产足以承担其民事责任，那么总公司无需承担额外责任。
- 分公司不具有独立法人资格，因此其民事责任最终由总公司承担。这意味着，即使分公司被判决承担责任，如果其财产不足，总公司仍需承担补充责任。
总公司责任：
- 总公司作为具有独立法人资格的主体，对其分支机构的民事责任承担最终责任。这包括分公司无法承担的民事责任部分。
- 总公司还需对分公司的经营活动进行管理和监督，确保分公司遵守法律法规和总公司的规章制度。如果分公司因违法或违规行为导致纠纷，总公司也可能需要承担相应的管理责任。
三、诉讼策略的选择
针对分公司诉讼：
- 如果纠纷主要基于分公司自身的经营活动产生，且分公司拥有相对独立的财产，原告可以选择仅起诉分公司。这有助于简化诉讼程序，提高诉讼效率。
- 然而，原告也需要考虑到分公司财产不足的风险。在这种情况下，原告可以在起诉时将总公司列为共同被告，以确保自己的权益得到充分保障。
针对总公司诉讼：
- 如果纠纷因总公司的决策或控制行为导致，而分公司仅是执行者，原告可以选择直接起诉总公司。这有助于直接追究总公司的责任，避免诉讼过程中的复杂性和不确定性。
- 在起诉总公司时，原告需要提供充分的证据证明总公司的决策或控制行为与纠纷之间存在因果关系。这可能需要深入的调查和取证工作。
综合诉讼策略：
- 在某些复杂案件中，原告可能需要同时起诉总公司和分公司。这有助于确保原告的权益得到全面保障，无论分公司和总公司的财产状况如何。
- 在制定综合诉讼策略时，原告需要仔细评估案件的具体情况、证据的充分性以及诉讼成本等因素。这可能需要专业的法律咨询和策划。
法律建议：
- 在起诉前，原告应充分了解分公司和总公司的法律地位、财产状况以及纠纷的具体情况。这有助于确定合适的诉讼主体和诉讼策略。
- 原告应收集充分的证据来支持自己的诉讼请求。这包括合同、交易记录、通信记录等书面证据，以及证人证言等口头证据。
- 如果原告对诉讼程序或法律条款不熟悉，建议寻求专业律师的帮助。我可以为你提供全面的法律咨询和诉讼代理服务，确保你的权益得到充分保障。
可能法律后果：
- 如果原告选择起诉分公司且分公司财产充足，法院可能直接判决分公司承担责任。这有助于快速解决纠纷并降低诉讼成本。
- 如果原告选择起诉总公司或总公司和分公司作为共同被告，且法院判决总公司承担责任，总公司可能需要支付赔偿金或承担其他法律责任。这可能对总公司的财务状况和声誉产生负面影响。
- 在诉讼过程中，如果原告未能提供充分的证据支持自己的诉讼请求，法院可能驳回原告的诉讼请求或判决原告承担部分或全部诉讼费用。因此，原告在起诉前应充分准备证据并评估诉讼风险。