政府采购合同签订后变更实质性内容的补充协议，其有效性需根据具体情况判断，并非绝对有效或无效。以下从不同角度进行分析：

一、法律原则与规定

1. 合同变更的合法性：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方可以在协商一致的基础上变更合同内容。然而，这种变更必须遵循法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
   • 在政府采购领域，合同变更还需遵循《中华人民共和国政府采购法》及其实施条例的特殊规定。这些法规对政府采购合同的签订、履行、变更和终止等环节都有严格的要求，以确保政府采购活动的公开、公平、公正和诚实信用。

2. 实质性内容的变更：

   • 实质性内容的变更通常指的是合同标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、履行地点和方式、违约责任和解决争议方法等关键条款的变更。
   • 如果补充协议变更了政府采购合同的实质性内容，且这种变更未经法定程序（如重新招标、竞争性谈判等）或未获得相关部门的批准，那么该补充协议可能因违反法律、行政法规的强制性规定而无效。

二、具体情形分析

1. 合法变更的情形：

   • 如果政府采购合同的变更是在合同履行过程中，因不可抗力、政策调整等客观原因导致的，且这种变更已经获得了相关部门的批准或认可，那么补充协议通常是有效的。
   • 另外，如果合同双方在签订补充协议时，已经遵循了政府采购法规规定的程序（如重新招标、竞争性谈判等），并确保了变更内容的合法性和合理性，那么补充协议也是有效的。

2. 非法变更的情形：

   • 如果合同双方未经法定程序或未获得相关部门批准，擅自变更政府采购合同的实质性内容，那么这种变更可能因违反法律、行政法规的强制性规定而无效。
   • 例如，如果供应商和采购人在签订补充协议时，未经重新招标或竞争性谈判等程序，就擅自提高了合同价款或改变了合同标的，那么这种补充协议很可能是无效的。

三、法律后果与建议

1. 法律后果：

   • 如果补充协议无效，那么合同双方应恢复原状，即按照原政府采购合同的约定履行义务。
   • 如果因无效补充协议给一方造成损失的，受损方有权要求违约方承担赔偿责任。

2. 建议：

   • 在签订政府采购合同的补充协议时，合同双方应严格遵守法律、行政法规的强制性规定和政府采购法规的特殊要求。
   • 如果需要对合同实质性内容进行变更，应提前与相关部门沟通并获得批准或认可，以确保补充协议的合法性和有效性。
   • 在签订补充协议前，建议咨询专业律师或政府采购专家的意见，以降低法律风险。

总结来说，政府采购合同签订后变更实质性内容的补充协议的有效性需根据具体情况判断。在签订补充协议时，合同双方应严格遵守相关法律法规和政府采购法规的要求，以确保补充协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。