宅基地存根本身不能直接作为买卖的合法证据，因为宅基地本身不可自由买卖，但宅基地上的房屋可以在本集体经济组织内部成员之间流转，此时宅基地存根可作为房屋买卖及宅基地使用权转移的辅助证据。以下从不同角度详细分析：
宅基地所有权与使用权流转的法律限制
宅基地所有权归属：
- 根据《中华人民共和国宪法》和《中华人民共和国民法典》的相关规定，农村宅基地归集体所有，个人并不拥有宅基地的所有权，因此不能对其进行买卖处分。
宅基地使用权流转限制：
- 《中华人民共和国土地管理法》明确规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，且宅基地的使用权不得单独转让，禁止任何单位和个人私自买卖或以其他形式非法转让宅基地。
- 宅基地上的房屋可以在本集体经济组织内部成员之间进行流转，但必须遵循“房地一体”原则，即房屋买卖时，宅基地使用权会随之转移给符合条件的受让人。
宅基地存根作为证据的法律效力
存根的性质：
- 宅基地存根是宅基地使用权登记或变更过程中的一份重要文件，它记录了宅基地的基本信息、使用权人、面积、四至等关键内容。
存根作为证据的作用：
- 在宅基地上的房屋买卖过程中，宅基地存根可以作为证明房屋所在宅基地使用权归属和变更情况的辅助证据。
- 然而，仅凭宅基地存根并不能直接证明买卖行为的合法性，因为买卖行为还需要符合相关法律法规的规定，如买卖双方必须为本集体经济组织内部成员、必须履行相关的审批和变更登记手续等。
合法买卖宅基地上房屋的建议
了解法律法规：
- 在进行宅基地上房屋的买卖前，务必了解并遵守相关法律法规的规定，确保买卖行为的合法性。
履行审批手续：
- 买卖双方应向乡（镇）人民政府或相关主管部门申请审批，并履行相关的变更登记手续，以确保宅基地使用权的合法转移。
保留相关证据：
- 在买卖过程中，应保留好宅基地存根、房屋买卖合同、审批文件等相关证据，以备不时之需。
可能的法律后果
非法买卖宅基地的法律后果：
- 如果违反相关法律法规的规定，私自买卖宅基地或宅基地上的房屋，可能会面临法律制裁，如罚款、没收违法所得等。
买卖合同无效的法律后果：
- 如果买卖合同因违反法律法规的规定而被认定为无效，买卖双方可能需要承担返还财产、赔偿损失等民事责任。
总结来说，宅基地存根本身不能直接作为买卖的合法证据，因为宅基地本身不可自由买卖。但在宅基地上的房屋买卖过程中，宅基地存根可以作为辅助证据证明房屋所在宅基地的使用权归属和变更情况。为了确保买卖行为的合法性，务必了解并遵守相关法律法规的规定，履行相关的审批和变更登记手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。