农村自建房和承包商签订的合同，在符合一定条件下是有效的。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、合同有效的基本条件
主体合格：
- 双方当事人（即房主和承包商）必须具有相应的民事行为能力，即都是成年人且精神正常，能够独立进行民事活动并做出真实的意思表示。
意思表示真实：
- 合同内容必须是双方真实自愿达成的，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。双方应在平等、充分沟通的基础上就自建房的各项事宜（如建造规格、价格、工期等）协商一致。
内容合法：
- 合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。自建房行为本身必须符合当地关于宅基地使用、规划建设等相关规定，包括拥有合法的土地使用权、符合城乡规划要求、已办理必要的建房审批手续等。
形式符合要求：
- 如果法律法规对自建房合同形式有要求，合同需符合该要求。例如，有些地区可能规定涉及较大金额或重要事项的合同应当采用书面形式，并可能需要办理相关登记备案手续。
二、合同可能无效的情形
主体不适格：
- 如果一方或双方当事人不具备民事行为能力，如未成年人或精神病人，合同将无效。
意思表示不真实：
- 通过欺诈、胁迫手段订立的合同，如果损害了国家利益，将被认定无效。因重大误解订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销，撤销后合同自始无效。
内容违法：
- 违反法律法规强制性规定的合同无效。例如，在禁止建设区域进行自建房，或者未取得任何审批手续就进行建房活动，这样的合同是无效的。损害国家、集体或他人合法权益的合同也无效，如未经共有人同意，擅自与他人签订在共有宅基地上的自建房合同。
形式不符合规定：
- 如果法律明确规定自建房合同必须采用书面形式并办理相关登记备案手续，但双方未按要求执行，合同可能无效。
土地权属不清或违规：
- 如土地存在争议，使用权归属不明确，或者违反土地管理法规（如在农用地上违规建房），此时签订的自建房合同将存在隐患，很可能被认定无效。
违反城乡规划：
- 城乡规划对土地的用途、建设等有明确规定，自建房必须符合这些规划要求。否则，即使合同本身没有其他问题，也可能因为违反城乡规划而导致无效。
三、特殊情况下的合同效力
农村宅基地自建房：
- 如果自建房位于农村宅基地上，且房主和承包商都是同一村集体成员，合同在符合上述条件的情况下通常是有效的。但如果承包商是非本村集体成员，由于宅基地不允许随意流转给村集体以外的人，合同可能面临无效的风险。
非宅基地自建房：
- 对于非宅基地上的自建房，如经过合法审批手续建造的，合同一般有效。但未经过合法审批手续建造的自建房，由于其本身的合法性存在问题，合同可能无效。
四、法律建议
核实土地及建房手续：
- 在签订自建房合同前，务必核实土地及建房手续的合法性，确保合同内容的真实性和合法性。
明确合同条款：
- 合同中应明确双方的权利和义务，包括建造规格、价格、工期、质量标准、付款方式等，以避免后续纠纷。
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综上所述，农村自建房和承包商签订的合同是否有效，需综合考虑土地情况、建房手续、合同内容及双方当事人的民事行为能力等多方面因素。在签订合同前，务必进行充分的调查和准备，以确保合同的合法性和有效性。