若检察院已启动起诉程序，但被告人在起诉前因生病被评定为二级残疾人，案件处理需结合具体情形综合判断，核心结论如下：

1. 案件不会因被告人残疾而自动中止或终止，但可能影响强制措施适用
   根据《刑事诉讼法》第67条，对“生活不能自理的人”可取保候审或监视居住。二级残疾人若符合“生活不能自理”标准（如完全丧失劳动能力、需长期护理等），可向检察院或法院申请变更强制措施为取保候审或监视居住，避免羁押。需提供残疾证、医院诊断证明、护理依赖鉴定等材料证明其生活状态。

2. 残疾状况可能成为量刑情节，但需结合犯罪性质与主观恶性
   若残疾与犯罪行为无直接关联（如犯罪前已残疾），法院可能根据《刑法》第61条“犯罪情节”及第19条“又聋又哑的人或盲人犯罪可从轻”的类推原则，酌情从宽处罚（但二级残疾不直接等同于“又聋又哑或盲人”，需具体分析）。若残疾因犯罪导致（如被害人转被告人的情况），则不影响量刑，但可能影响民事赔偿范围。

3. 诉讼程序可申请特殊安排，保障被告人参与权
   根据《刑事诉讼法》第119条，若被告人因残疾无法到庭，法院可到其住所开庭，或通过远程视频、书面陈述等方式保障其辩护权。辩护人需提前与法院沟通，提交医疗证明、残疾等级鉴定等材料，申请程序调整。

4. 民事赔偿部分需区分残疾与犯罪的因果关系
   若被告人因犯罪行为致残（如故意伤害导致二级残疾），被害人可提起刑事附带民事诉讼，要求赔偿医疗费、残疾赔偿金等。若残疾与犯罪无关（如被告人本身残疾后犯罪），则民事赔偿仅针对犯罪直接损失（如财产损失），残疾状况不扩大赔偿范围。

操作建议：

• 立即委托律师向检察院/法院提交《变更强制措施申请书》，附残疾证、医院诊断证明、护理依赖鉴定等材料；
  
• 申请司法鉴定，明确残疾与犯罪行为的因果关系（若涉及民事赔偿）；
  
• 与法院沟通诉讼程序调整方案，确保被告人有效参与庭审；
  
• 若符合条件，同步申请法律援助（根据《法律援助法》第25条，残疾人可获法律援助）。
  

关键点：残疾状况本身不阻断刑事诉讼进程，但可通过程序性权利（如变更强制措施、特殊庭审安排）和实体性权利（如量刑从宽、民事赔偿范围）的行使，最大限度维护被告人合法权益。具体操作需结合案件细节，建议尽快委托律师介入。