当被告抗辩超过诉讼时效时，法院的处理方式及原告的补救办法如下：
一、法院的处理方式
立案受理阶段：
- 法院在立案时不会主动审查是否超过诉讼时效。只要当事人的起诉符合民事诉讼法规定的立案条件，如明确的被告、具体的诉讼请求和事实、理由等，法院就会受理案件。
审理阶段：
- 被告提出时效抗辩：若被告在诉讼中以原告的诉讼请求超过诉讼时效为由提出抗辩，且法院经审理查明该抗辩事由成立，法院会判决驳回原告的诉讼请求。例如，若合同约定的还款期限已过，且原告在诉讼时效期满后才起诉要求还款，被告以超过诉讼时效进行抗辩，法院经审查确认后会驳回原告的诉讼请求。
- 被告未提出时效抗辩：若被告未提出诉讼时效抗辩，法院则不会主动适用诉讼时效规定进行裁判，而是会根据案件事实和证据作出正常裁判。
上诉阶段：
- 当事人在一审期间未提出诉讼时效抗辩，而在二审期间提出的，人民法院一般不予支持，除非基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间。
特殊情况处理：
- 若存在诉讼时效中断、中止或延长的特殊情况，如不可抗力、无民事行为能力人或限制民事行为能力人没有法定代理人等原因导致不能行使请求权，且原告能够证明这些法定事由，诉讼时效可能未届满，法院会继续审理案件。
- 若当事人在诉讼过程中自愿履行义务，即使超过了诉讼时效，法院也会认可其效力。
二、原告的补救办法
证明诉讼时效未届满：
- 原告可以尝试证明存在诉讼时效中断、中止或延长的情形，如提供催款记录、通信记录等证据，表明在诉讼时效期间内曾向被告主张过权利，或者因不可抗力等导致无法行使请求权。
利用被告自愿履行：
- 若被告在诉讼过程中自愿履行义务，原告可以接受并认可其效力。即使诉讼时效已届满，被告的自愿履行行为也是有效的。
考虑其他法律途径：
- 若诉讼时效确实已届满，且无法证明存在中断、中止或延长的情形，原告可以考虑通过协商、调解等其他法律途径解决纠纷，或者根据具体情况调整诉讼请求和策略。
三、法律建议
- 作为原告：在提起诉讼前，应仔细了解相关法律法规和司法解释的规定，确保自己的诉讼请求未超过诉讼时效。同时，应保留好相关证据，如合同、通信记录、催款记录等，以证明自己在诉讼时效期间内曾主张过权利。
- 作为被告：若认为原告的诉讼请求已超过诉讼时效，应在答辩状或庭审过程中明确提出抗辩，并提供相关证据支持自己的观点。同时，应注意反驳原告可能提出的诉讼时效中断、中止或延长的主张。
总结：当被告抗辩超过诉讼时效时，法院会根据具体情况进行审查和处理。原告应尽可能证明诉讼时效未届满或利用被告自愿履行等情形来维护自己的权益。若确实无法证明，则应考虑其他法律途径解决纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。