存在股权关系的两家公司是否可以参与投标，需根据具体情况来判断，但通常情况下，如果两家公司存在直接控股或管理关系，则不得参加同一合同项下的投标活动。以下从不同角度为您详细分析：

法律规定角度

1. 《中华人民共和国政府采购法实施条例》第十八条：明确规定单位负责人为同一人或者存在直接控股、管理关系的不同供应商，不得参加同一合同项下的政府采购活动。这一规定旨在防止关联公司之间通过串标等不正当手段影响招标的公正性。

2. 《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十四条：也作出了类似规定，即单位负责人为同一人或者存在控股、管理关系的不同单位，不得参加同一标段投标或者未划分标段的同一招标项目投标。违反此规定的，相关投标均无效。

股权关系具体分析

1. 直接控股关系：如果两家公司之间存在直接控股关系，即一家公司直接持有另一家公司的股份，且达到控股比例，那么这两家公司通常被视为存在直接控股关系，不得参加同一合同项下的投标活动。

2. 间接控股关系：对于间接控股关系，即一家公司通过另一家公司间接持有第三家公司的股份，但并未直接持有第三家公司的股份，或者控股比例未达到直接控股的标准，这种情况下，法律并未明确禁止这两家公司参加同一合同项下的投标活动。但需要注意的是，如果招标人或相关监管机构认为这种间接控股关系可能影响招标的公正性，仍有权拒绝其投标。

3. 管理关系：除了控股关系外，如果两家公司之间存在直接的管理关系，如一家公司直接管理另一家公司的日常运营、财务等，那么这两家公司也不得参加同一合同项下的投标活动。

实际操作建议

1. 核查股权结构：在参与投标前，两家公司应仔细核查彼此的股权结构和管理关系，确保不存在直接控股或管理关系，以避免违反相关法律法规。

2. 咨询招标人或监管机构：如果两家公司之间存在间接控股关系或其他可能影响招标公正性的因素，建议提前咨询招标人或相关监管机构，了解其对此类情况的看法和态度。

3. 准备充分证据：如果两家公司认为自身不存在直接控股或管理关系，且符合投标条件，那么在投标过程中应准备充分的证据来证明这一点，以应对可能的质疑和审查。

总结来说，存在股权关系的两家公司是否可以参与投标，需根据其股权结构和管理关系来判断。如果存在直接控股或管理关系，则不得参加同一合同项下的投标活动；如果仅为间接控股关系或其他不影响招标公正性的因素，则需根据具体情况和招标人的要求来决定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。