医院作为招标人，若对招标公司组织的药品招标结果不服，可按照以下流程提出质疑：
一、质疑的提出
质疑的时效性：
- 医院应在知道或者应知其权益受到损害之日起7个工作日内，以书面形式向招标公司提出质疑。这里的“知道或者应知其权益受到损害之日”通常指的是中标结果公示之日或者收到中标通知书之日。
质疑的内容：
- 质疑书应包含以下内容：质疑人的名称、地址及有效联系方式；被质疑人的名称；质疑项目的名称、编号；具体质疑事项及请求；事实依据；必要的法律依据；提出质疑的日期。
- 质疑事项应具体明确，并附上相关证据材料，以便招标公司进行审查。
质疑的提交方式：
- 质疑书应以书面形式提交，可以通过邮寄、传真或电子邮件等方式送达招标公司。为确保质疑的及时性和有效性，建议医院选择能够确认收悉的方式提交质疑书。
二、质疑的受理与审查
受理：
- 招标公司在收到质疑书后，应在3个工作日内进行审查，决定是否受理。对于符合受理条件的质疑，招标公司应出具受理通知书；对于不符合受理条件的质疑，应出具不予受理通知书，并说明理由。
审查：
- 招标公司应在受理质疑之日起7个工作日内，对质疑事项进行审查，并作出书面答复。审查过程中，招标公司可以要求质疑人提供补充材料或进行说明。
- 审查内容主要包括质疑事项的真实性、合法性及合理性，以及是否影响中标结果等。
三、质疑的答复与处理
答复：
- 招标公司应在审查结束后，向质疑人出具书面答复，说明审查结果及理由。答复应明确、具体，并附上相关证据材料。
- 若质疑事项成立，招标公司应依法采取纠正措施，如重新招标、修改中标结果等，并通知所有投标人。
处理：
- 若质疑人对招标公司的答复不满意，或招标公司未在规定时间内作出答复，质疑人可以向相关行政监督部门投诉。
- 行政监督部门在收到投诉后，应依法进行调查处理，并作出书面决定。对于投诉事项成立的，行政监督部门应责令招标公司改正，并可以给予警告、罚款等行政处罚。
四、注意事项
保持沟通：
- 在质疑过程中，医院应与招标公司保持密切沟通，及时了解质疑的审查进展及结果。
依法维权：
- 医院在提出质疑时，应确保质疑事项合法、合理，并附上相关证据材料。避免恶意质疑或滥用质疑权利，以免承担法律责任。
关注时效：
- 医院应密切关注质疑的时效性，确保在规定时间内提出质疑并提交相关材料。逾期提出的质疑可能不被受理。
若医院在药品招标过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和解决方案。