针对您提出的“员工自动离职回来拿工资是否需要签协议”的问题，这实际上涉及到了员工离职后再入职的劳动关系处理问题。虽然直接的问题是关于拿工资是否需要签协议，但核心在于离职后再入职这一行为对劳动关系的影响。
首先，明确结论：员工自动离职后再入职，为了明确双方在新的劳动关系中的权利和义务，确保合法合规，是需要重新签订劳动合同的，而不仅仅是针对拿工资这一环节签订协议。
接下来，进行详细解释：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十条的规定，建立劳动关系应当订立书面劳动合同。员工自动离职后再入职，实际上是与用人单位建立了新的劳动关系。
对员工的影响：
- 重新签订劳动合同能够确保员工在新岗位上的工作内容、工作地点、工资待遇、工作时间以及休息休假等核心权益得到明确和保障。
- 如果仅就拿工资签订协议，可能无法全面覆盖员工在新劳动关系中的所有权益，导致员工在主张其他权益时面临困难。
对用人单位的影响：
- 用人单位有法定义务及时与重新入职的员工签订新的劳动合同。如果未能在规定时间内签订，用人单位可能面临支付二倍工资的法律风险。
- 签订正式的劳动合同有助于用人单位规范用工管理，降低潜在的法律风险和纠纷。
关于拿工资的具体处理：
- 在重新签订的劳动合同中，可以明确工资待遇、支付方式、支付时间等条款，以确保员工在离职后再入职后能够顺利拿到工资。
- 如果仅就工资问题签订协议，可能无法涵盖其他与劳动关系相关的重要事项，如社会保险、福利待遇等。
最后，给出建议：
- 无论是从法律依据还是实际影响来看，员工自动离职后再入职时，用人单位和员工都应当重新签订正式的劳动合同，以明确双方在新的劳动关系中的权利和义务。
- 针对拿工资的问题，可以在劳动合同中明确相关条款，以确保员工的合法权益得到保障。
- 如果双方对劳动合同的条款存在疑问或争议，建议咨询专业的法律人士或劳动仲裁机构进行解答和调解。
综上所述，员工自动离职回来拿工资并不仅仅是签订一个简单的协议问题，而是涉及到重新建立劳动关系并签订正式劳动合同的复杂问题。希望以上解答能够对您有所帮助。