针对被告40年长期侵权侵害原告农作物种植损失的赔偿问题，赔偿项目通常包括直接损失和间接损失两大类，具体赔偿项需根据实际情况确定。以下是对赔偿项目的详细分析：
一、直接损失
农作物减产或绝收的损失：
- 这是最直接的损失，即由于被告的侵权行为导致原告农作物产量减少或完全绝收所造成的经济损失。
- 赔偿金额通常根据农作物的市场价格、预期产量以及实际减产或绝收的数量来计算。
为恢复生产而支出的合理费用：
- 包括因侵权行为导致的土地修复费用、重新种植农作物的种子、化肥、农药等费用。
- 这些费用是原告为了恢复生产所必需的支出，应由被告承担。
二、间接损失
预期收益的损失：
- 如果原告能够证明因被告的侵权行为导致其预期收益减少，那么这部分损失也应由被告赔偿。
- 预期收益的计算通常基于农作物的历史产量、市场价格以及未来的市场趋势等因素。
因侵权行为导致的其他经济损失：
- 如因农作物减产或绝收导致的加工、销售等环节的损失，以及因侵权行为导致的原告信誉受损等间接经济损失。
- 这些损失虽然难以直接量化，但也是原告因被告侵权行为所遭受的实际损失，应予以考虑。
三、特殊考虑因素
长期侵权的影响：
- 被告40年的长期侵权行为可能对原告的土地、生态环境等造成长期影响，这些影响可能难以在短期内恢复。
- 在计算赔偿金额时，应充分考虑这些长期影响，并可能要求被告承担相应的环境修复费用或长期赔偿责任。
因果关系的证明：
- 原告需要证明其农作物种植损失与被告的侵权行为之间存在直接的因果关系。
- 这可能需要专业的鉴定机构进行鉴定，以确定损失的具体原因和程度。
赔偿标准的确定：
- 赔偿标准应根据实际情况确定，包括农作物的市场价格、预期产量、实际损失数量等因素。
- 在长期侵权的情况下，赔偿标准可能需要考虑时间因素，如通货膨胀、市场价格波动等。
四、法律建议
收集证据：
- 原告应尽可能收集与侵权行为相关的证据，包括照片、视频、证人证言、鉴定报告等，以证明其损失的具体情况和程度。
咨询专业律师：
- 由于长期侵权赔偿问题涉及复杂的法律关系和证据收集，建议原告咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。
考虑诉讼时效：
- 需要注意的是，长期侵权可能涉及诉讼时效的问题。原告应在法律规定的诉讼时效期间内提起诉讼，以维护其合法权益。
在具体案件中，赔偿项目可能因实际情况而有所不同。因此，建议原告在提起诉讼前咨询专业律师，以获取更准确的法律建议和赔偿方案。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。