侵占路基做菜园属于违法行为，需根据具体情况采取不同处理方式，具体如下：

1. 民事责任角度
   路基属于道路附属设施，其所有权通常归国家或集体所有（如公路路基归交通部门管理，乡村道路路基归村委会或乡镇政府管理）。若个人未经许可侵占路基改建菜园，属于无权占有行为。根据《民法典》第235条，权利人有权要求返还原物、恢复原状。例如，交通管理部门或村委会可要求侵占者限期拆除菜园、恢复路基原状；若造成路基损坏，还需赔偿修复费用。

2. 行政责任角度
   若侵占行为涉及公共道路（如国道、省道、县道），可能违反《公路安全保护条例》第16条“禁止在公路建筑控制区内修建建筑物和地面构筑物”。根据该条例第56条，交通主管部门可责令限期拆除，并处5万元以下罚款；逾期不拆除的，由交通主管部门拆除，相关费用由侵占者承担。若为乡村道路，可能适用《公路法》第81条，由乡镇政府责令停止违法行为，处3万元以下罚款。

3. 刑事责任角度（极端情况）
   若侵占行为导致路基严重损坏，足以使汽车、电车发生倾覆、毁坏危险（如挖断路基导致路面塌陷），可能构成《刑法》第117条“破坏交通设施罪”，处3年以上10年以下有期徒刑；造成严重后果的，处10年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑。但需注意，此情形需达到“危及公共安全”的严重程度，普通菜园侵占通常不涉及。

处理建议：

• 若您是权利人（如交通部门、村委会），可先书面通知侵占者限期整改，并留存通知证据（如邮寄回执、现场照片）；若对方拒不整改，可向当地交通主管部门或乡镇政府举报，由行政机关介入处理。
  
• 若您是侵占者，建议立即停止行为，主动与权利人协商恢复原状，避免承担民事赔偿、行政罚款甚至刑事责任。
  
• 若涉及复杂权属争议（如路基权属不明），可向法院提起“物权保护纠纷”诉讼，由法院裁决权属及责任。
  

如有进一步细节（如侵占主体、道路类型、损坏程度等），可向我补充说明，我会为您分析具体法律风险。