在我国，有权搜查（这里理解为查封，因严格意义上的搜查多指司法机关对人身或特定场所的搜索检查，而针对商铺更多是查封等措施）商铺的部门主要包括行政机关和人民法院，具体如下：

1. 行政机关

   • 市场监督管理部门：当商铺涉及销售假冒伪劣商品、无照经营、不正当竞争、销售不符合安全标准的产品或食品等违法行为时，市场监督管理部门有权依法查封商铺，以制止违法行为并防止证据损毁。这是基于《工商行政管理机关行政处罚程序规定》、《中华人民共和国产品质量法》、《中华人民共和国食品安全法》等相关法律法规的规定。

   • 税务部门：如果商铺存在严重的偷税、漏税、抗税等税收违法行为，且在规定期限内未缴纳应纳税款及滞纳金，税务机关经批准可以冻结纳税人相应存款，并有权查封商铺或其价值相当于应纳税款的财产。这是依据《中华人民共和国税收征收管理法》的规定。

   • 公安机关：在商铺涉及刑事案件，如制售毒品、假币、淫秽物品等犯罪活动，或与违法犯罪行为有密切关联时，公安机关为了侦查案件、收集证据等需要，可以对商铺进行查封。这是根据《公安机关办理刑事案件程序规定》执行的。

   • 消防部门：若商铺存在严重消防安全隐患且不及时消除可能严重威胁公共安全，消防部门有权采取临时查封措施，直至隐患消除。这是依据《中华人民共和国消防法》的规定。

行政机关查封程序：行政机关在进行查封时，必须遵循严格的程序，包括进行报批并获得查封授权、制作现场笔录详细记录查封过程和情况、确保当事人在场（若当事人不在场应邀请见证人）、开具行政强制措施决定书和清单等，以明确查封的依据、范围和期限。

1. 人民法院

   • 根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》，人民法院在民事执行过程中，有权对被执行人的财产进行查封，包括商铺。人民法院查封商铺时，会张贴封条或公告，明确查封的财产和范围，并通知有关登记机关办理查封登记手续，以确保查封的效力。

当事人的权益保障：

无论是行政机关还是人民法院查封商铺，都必须依法进行，不能随意侵犯当事人的合法权益。如果当事人对查封行为有异议，可以依法申请复议或提起诉讼，以维护自己的合法权益。

总结与建议：

商铺的查封行为涉及多个法律主体和复杂的法律程序。在实际操作中，各相关部门应严格依法行事，确保查封行为的合法性和正当性。同时，商铺经营者也应了解相关法律法规，遵守经营规范，避免违法行为导致的查封风险。如果您在商铺经营过程中遇到查封等法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。