公司不能借保密检查为名随意查询员工手机。以下从多个角度进行分析：
一、法律角度
隐私权保护：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自然人享有隐私权，任何组织或者个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。员工手机中的信息，包括但不限于通讯记录、短信、社交媒体聊天记录等，均属于个人隐私范畴，受到法律保护。
- 公司若未经员工同意，擅自查询员工手机，可能构成对员工隐私权的侵犯，员工有权要求公司停止侵害、赔礼道歉，并可能要求赔偿损失。
劳动法规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当尊重和保护劳动者的合法权益，包括隐私权。公司不得以任何理由侵犯员工的合法权益，包括通过查询手机等方式获取员工私人信息。
二、实际操作角度
保密检查的合法性：
- 公司若要进行保密检查，应当遵循合法、合理、必要的原则，并事先告知员工检查的目的、范围、方式等，且需获得员工的同意。
- 随意查询员工手机并不属于合法的保密检查方式，因为手机中的信息可能涉及员工的个人隐私，且查询行为本身可能缺乏明确的法律依据和合理的必要性。
公司规章制度的合规性：
- 即使公司规章制度中规定了保密检查的相关条款，但这些条款也必须符合法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。
- 如果公司规章制度中的保密检查条款违反了法律法规，那么这些条款将是无效的，公司不能依据这些条款来查询员工手机。
三、建议与后果
建议：
- 公司应当尊重和保护员工的隐私权，避免采取任何可能侵犯员工隐私的行为。
- 如果公司需要进行保密检查，应当通过合法、合理、必要的方式进行，如要求员工签署保密协议、对特定文件或数据进行加密处理等。
后果：
- 如果公司擅自查询员工手机并侵犯了员工的隐私权，员工有权向劳动监察部门投诉或向法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。
- 此外，公司的行为还可能损害其声誉和形象，影响员工的工作积极性和忠诚度，对公司的长期发展产生不利影响。
综上所述，公司不能借保密检查为名随意查询员工手机。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。