若合建房屋协议被认定无效，征收款的分配需根据无效原因、双方过错程度及实际投入等因素综合判定，具体处理方式如下：
协议无效的常见原因及法律后果
- 违反法律强制性规定：如未取得规划许可、未办理用地审批手续等，导致协议自始无效。此时房屋可能被认定为违法建筑，征收补偿可能仅限于土地价值或材料残值，且需扣除违法建设罚款。
- 恶意串通损害第三方利益：如双方通过虚假合建协议转移财产、逃避债务，征收款可能被追缴或优先用于清偿第三方债权。
- 主体资格瑕疵：如一方以虚假身份签约，或合建方不具备民事行为能力，协议无效后征收款可能返还给实际权利人（如土地所有权人或合法继承人）。
征收款分配的核心原则
- 过错责任原则：若协议无效因一方过错导致（如隐瞒土地性质、虚构审批手续），过错方可能丧失分配资格或减少份额；若双方均有过错，按过错比例分担损失。
- 实际投入补偿原则：法院可能根据双方对房屋建设的实际出资、劳务投入、材料贡献等，按比例分配征收款中与房屋价值相关的部分（如装修补偿、搬迁补助）。
- 土地价值优先原则：若合建房屋占用集体土地或国有土地，土地补偿款通常归土地所有权人或使用权人所有，合建方仅能主张房屋建设成本的补偿。
典型情形下的处理方式
- 情形一：房屋被认定为合法建筑
若合建房屋已取得合法产权（如宅基地上房屋），协议无效后征收款可能按以下方式分配：
- 土地补偿款归土地所有权人（如村集体）或合法使用权人；
- 房屋补偿款按双方实际投入比例分配，或由法院酌情判定（如考虑出资、管理、使用等因素）。
- 情形二：房屋被认定为违法建筑
若房屋因未批先建、超面积建设等被认定为违法，征收款可能仅包括：
- 土地残值补偿（按土地原用途评估）；
- 建筑材料残值补偿（扣除拆除费用）；
- 双方按过错比例分担上述补偿款的分配。
- 情形三：一方已实际占有征收款
若一方已领取全部征收款，另一方可主张返还其应得份额，并要求赔偿因对方过错导致的损失（如利息损失、诉讼费用等）。
实务建议
- 收集证据：保留合建协议、出资凭证、施工合同、规划审批文件（如有）、征收补偿方案等材料，以证明双方投入及房屋合法性。
- 协商优先：在诉讼前尝试与对方或征收部门协商，明确补偿款分配比例，避免诉讼成本。
- 及时起诉：若协商无果，应在知道协议无效之日起3年内向法院起诉，主张分配征收款或赔偿损失。
提示：合建房屋协议无效后的征收款分配涉及物权法、合同法及征收补偿法规的交叉适用，具体案件需结合地方政策、房屋现状及双方证据综合判定。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。