项目部一般没有权利直接对农民工进行罚款，但具体情况需结合以下角度分析：
从法律授权角度
根据《行政处罚法》规定，只有行政机关（如应急管理局、住建局等）经法律授权后才能实施罚款等行政处罚。项目部作为企业内设机构，不具备行政处罚主体资格，无权以“违章作业”为由直接对农民工罚款。若项目部以自身名义罚款，可能涉嫌违法。
从合同约定角度
若农民工与项目部（或劳务公司）签订的劳动合同/安全责任书中明确约定：“违章作业需承担违约金/赔偿金”，且违约金金额合理（不超过实际损失的30%），则项目部可依据合同主张权利。但需注意：
- 罚款≠违约金，项目部不得将“罚款”偷换概念为“违约金”；
- 违约金需以实际损失为前提，不能随意设定金额。
- 从企业管理角度
项目部可通过以下合法方式管理违章作业：
- 扣减绩效工资：若劳动合同约定工资包含绩效部分，可因违章作业扣减相应绩效；
- 要求赔偿损失：若违章行为导致项目部实际损失（如设备损坏、工期延误），可要求农民工赔偿；
- 解除劳动合同：若违章行为严重违反规章制度（如多次酒后作业、故意违规操作），可依据《劳动合同法》第39条解除合同。
建议：
- 对农民工：若被项目部罚款，可要求其出示法律依据或合同条款，拒绝非法罚款；若已罚款，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对项目部：应完善安全管理制度，通过培训、奖惩机制（如奖励安全标兵）引导规范作业，而非直接罚款。
如有具体案例或合同条款需要分析，可直接向我咨询。