公司有未结束的工伤案件时，一般不可以直接申请注销。具体分析如下：

1. 公司注销的法定条件
   根据《公司法》及《市场主体登记管理条例》，公司注销需满足“清算结束、债权债务处理完毕”等条件。若存在未结的工伤赔偿纠纷（如工伤认定、伤残等级鉴定、赔偿金额争议等），属于公司未清偿的债务，工商部门通常不会批准注销申请。

2. 工伤案件未结对公司注销的影响

   • 法律障碍：若公司明知存在工伤纠纷仍申请注销，可能被认定为“恶意逃避债务”。工商部门在审查注销申请时，若发现公司涉及未决诉讼或仲裁，会要求公司先处理完毕再办理注销。
     
   • 程序限制：即使公司提交了注销申请，工伤职工或其家属仍可向法院申请“财产保全”，冻结公司剩余资产（如银行账户、设备等），确保赔偿有保障。此时，公司注销程序会被中止。

3. 特殊情况：简易注销的例外
   若公司选择“简易注销”（如无债权债务、未发生经营异常等），需全体投资人签署《承诺书》，声明“公司不存在未了结事务”。若虚假承诺，投资人需对公司债务承担连带责任。因此，若工伤案件未结，投资人签署承诺书可能面临法律风险，工商部门也可能通过系统核查发现未结案件，驳回注销申请。

4. 实务建议

   • 优先处理工伤案件：公司应与工伤职工协商赔偿，或通过劳动仲裁、诉讼明确赔偿金额，确保债务清偿后再申请注销。
     
   • 咨询工商部门：若公司确需注销，可提前向当地工商部门咨询具体要求，确认工伤案件是否构成注销障碍。
     
   • 注意股东责任：若公司注销后被发现存在未清偿债务（如工伤赔偿），股东可能需在注册资本范围内承担补充赔偿责任。

总结：公司注销需以“债权债务清理完毕”为前提，未结的工伤案件会构成法律障碍。建议优先解决工伤纠纷，再依法办理注销手续，避免后续法律风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。