若您想以公司用个人工资发票抵扣这一行为侵害您权益为由起诉公司，核心前提是需先确认公司行为违法且给您造成了实际损失，同时要收集好相关证据，一般可按劳动争议或侵权纠纷的途径起诉，以下为具体分析：
- 确认公司行为违法及自身损失
- 公司用个人工资发票抵扣，这种行为可能涉及违反财务制度、税务法规等。从税务角度看，如果公司要求员工提供与实际工作无关的发票来冲抵工资，以此减少公司应纳税所得额，属于偷逃税款的违法行为。
- 对于您个人而言，这种行为可能导致您实际到手工资与合同约定不符，或者影响您个人所得税的申报和缴纳等，给您造成经济损失，比如应得工资减少、可能面临税务风险等。只有确认公司行为违法且您有实际损失，起诉才有意义。
- 收集证据
- 劳动合同：劳动合同是证明您与公司存在劳动关系以及工资约定的重要证据。合同中一般会明确约定您的工资数额、支付方式等内容，如果公司用发票抵扣导致实际发放工资与合同不符，劳动合同可以作为对比依据。
- 工资发放记录：包括银行流水、工资条等。银行流水可以清晰显示公司实际向您账户转账的金额；工资条如果公司有提供，上面会记录工资的各项构成，通过与正常工资构成对比，能看出发票抵扣对工资的影响。
- 公司要求提供发票的相关证据：如公司发出的通知、邮件、聊天记录等，这些证据可以证明公司存在要求员工用发票抵扣工资的行为。
- 税务相关证据：如果您因为公司用发票抵扣工资的行为导致个人所得税申报出现问题，相关的税务申报记录、税务机关的通知等也可以作为证据，证明您因此遭受了损失。
- 确定起诉途径
- 劳动争议途径：如果公司用发票抵扣工资的行为主要涉及工资支付问题，您可以先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，因确认劳动关系、因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同、因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护、因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议都属于劳动争议仲裁的范围。您对公司用发票抵扣工资导致工资减少有异议，属于劳动报酬争议，可以申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
- 侵权纠纷途径：如果公司用发票抵扣工资的行为不仅影响了您的工资收入，还给您造成了其他方面的损害，比如因为税务问题导致您被税务机关处罚等，您可以以公司侵权为由直接向人民法院提起诉讼。在这种情况下，您需要证明公司存在侵权行为、您有损害结果发生以及公司的侵权行为与您的损害结果之间存在因果关系。
- 起诉流程
- 准备起诉状：起诉状应当记明原告和被告的基本信息、诉讼请求和所根据的事实与理由、证据和证据来源，证人姓名和住所等内容。在诉讼请求中，您可以要求公司支付被抵扣的工资、赔偿因公司行为给您造成的损失等。
- 提交起诉状和相关证据：向有管辖权的人民法院提交起诉状和相关证据。一般来说，劳动争议案件由用人单位所在地或者劳动合同履行地的基层人民法院管辖；侵权纠纷案件由被告住所地或者侵权行为地人民法院管辖。
- 参加庭审：在法院受理案件后，会安排开庭审理。您需要按照法院通知的时间和地点参加庭审，在庭审中陈述事实、提供证据、进行辩论等，以维护自己的合法权益。