农村房屋确权实际面积为180平方米，确权证书上登记为120平方米，这一行为是否合法需分情况讨论：

1. 若登记面积与实际面积不符系因测量误差或登记错误导致
   根据《不动产登记暂行条例》第十九条，不动产登记机构应当对申请登记的不动产进行实地查看，并如实记录。若确权过程中因测量工具精度、技术方法或人为疏忽导致面积登记错误，该行为属于程序瑕疵。权利人可依据《不动产登记暂行条例实施细则》第七十九条，持权属证明材料（如宅基地使用权证、建房审批文件）及测绘报告，向不动产登记机构申请更正登记。登记机构需自受理之日起30个工作日内完成核查并更正。

2. 若登记面积缩减系因违反土地管理法规或规划限制
   根据《土地管理法》第六十二条，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。若实际建造的180平方米房屋超出当地宅基地面积标准（例如某省规定宅基地面积上限为120平方米），则登记机构可能以“合法部分登记”原则，仅对符合标准的120平方米予以确权。此情形下，超出部分可能面临以下法律后果：

   • 行政处罚：根据《土地管理法》第七十七条，超出批准面积的部分可能被责令退还或限期拆除；
     
   • 确权限制：超出部分无法通过合法程序确权，但若符合规划调整条件，可依法申请补办手续后重新确权。

3. 若登记面积缩减系因权利人自愿放弃或协议处分
   若权利人通过书面协议（如分家析产协议、赠与合同）明确放弃部分房屋权益，或与村集体达成妥协（例如为满足邻里通行权而缩减登记面积），则登记机构依据权利人真实意思表示进行登记的行为合法。但需注意，此类协议需符合《民法典》第一百四十三条关于民事法律行为效力的规定（如行为人具有相应能力、意思表示真实、不违反法律强制性规定）。

建议行动步骤：

1. 核查确权档案中的测量报告、审批文件及登记依据，确认面积差异原因；
   
2. 若属测量错误，向登记机构提交更正登记申请及专业测绘机构出具的重新测绘报告；
   
3. 若涉及超占宅基地，咨询当地自然资源部门了解补办手续的可能性及条件；
   
4. 若存在协议处分情形，审查协议效力及是否涉及显失公平、胁迫等可撤销事由。
   

法律依据：

• 《不动产登记暂行条例》第十九条、第七十九条
  
• 《土地管理法》第六十二条、第七十七条
  
• 《民法典》第一百四十三条、第二百三十三条（物权保护请求权）
  

如有进一步证据或具体情节，可提供详细信息以便针对性分析。