结论：分居期间一方将5万元付给垫资人是否属于转移财产，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：
一、若该笔款项属于夫妻共同财产
无合理理由且未经对方同意：
- 如果这5万元属于夫妻共同财产，且支付给垫资人没有合理的商业理由或家庭开支需要，同时未经另一方同意，那么这种行为很可能被视为转移财产。因为夫妻共同财产在婚姻关系存续期间（包括分居期间）原则上应由双方共同管理、使用和处分，一方擅自处分可能损害另一方的财产权益。
有合理理由或经对方同意：
- 如果支付给垫资人是因为家庭共同事务（如偿还共同债务、支付子女教育费用等）或有其他合理商业理由，并且经过了另一方的同意或事后追认，那么这种行为通常不被视为转移财产。
二、若该笔款项属于个人财产
个人财产的自由处分：
- 如果这5万元属于一方的个人财产（如婚前财产、个人继承或受赠的财产等），那么该方有权自由处分这笔财产，包括支付给垫资人。在这种情况下，即使未经另一方同意，也不构成转移财产。
需注意证明财产来源：
- 然而，如果另一方对这笔财产的来源提出质疑，并主张其属于夫妻共同财产，那么支付方需要提供充分的证据证明这笔财产确实属于其个人财产。否则，可能面临被认定为转移财产的风险。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果被认定为转移财产，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，另一方有权在离婚时请求分割夫妻共同财产时，对该方少分或不分。同时，如果转移财产的行为涉嫌隐匿、转移、变卖、毁损夫妻共同财产，还可能面临法律制裁。
建议：
- 在分居期间，双方应尽量保持财务透明，避免擅自处分夫妻共同财产。如果确实需要支付大额款项，应事先与另一方沟通并达成一致意见。
- 如果对某笔款项的归属或支付合理性存在争议，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
示例：假设甲和乙是夫妻，分居期间甲未经乙同意将5万元（属于夫妻共同财产）支付给垫资人用于偿还个人债务。在这种情况下，甲的行为很可能被视为转移财产，因为甲擅自处分了夫妻共同财产且没有合理的家庭开支需要。如果乙在离婚时提出分割夫妻共同财产的请求，并主张甲少分或不分该部分财产，法院可能会根据具体情况予以支持。
最后，如果你对分居期间财产处理的具体情况还有疑问，或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。