核心结论：针对集体水井被个人霸占的情况，可通过协商、行政投诉、民事诉讼三种途径解决，具体选择取决于霸占行为的性质、证据充分性及集体意愿。以下分情况说明：

1. 优先尝试协商解决（低成本、高效途径）

• 法律依据：根据《民法典》第288条，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则处理相邻关系。集体水井属于共有设施，个人无权独占。
• 操作建议：
  • 由集体代表（如村委会、业主委员会）与霸占者沟通，明确水井的共有属性，要求其停止独占行为（如恢复共同使用、分摊维护费用等）。
  • 协商过程中可邀请基层组织（如居委会、派出所）见证，形成书面协议，避免后续纠纷。
• 注意事项：协商需保留证据（如录音、聊天记录），若对方拒绝配合，可转向其他途径。

2. 向行政部门投诉（针对侵权或违法行为）

• 适用情形：若霸占行为涉及破坏水井设施、污染水源或违反地方水资源管理规定（如《水法》第48条），可向相关部门投诉。
• 投诉部门：
  • 水利部门：负责水资源管理，可查处非法占用、破坏水井的行为。
  • 环保部门：若涉及水源污染，可要求其检测水质并责令整改。
  • 乡镇政府/街道办事处：对集体设施纠纷有协调职责，可介入调解。
• 操作建议：提交书面投诉材料，附上水井权属证明（如集体土地证、建设合同）、霸占证据（如照片、视频），要求行政部门责令霸占者恢复原状或赔偿损失。

3. 提起民事诉讼（最终法律救济途径）

• 法律依据：根据《民法典》第231条、第235条，集体成员对共有财产享有占有、使用、收益和处分的权利，个人霸占构成侵权，集体可要求其返还财产、排除妨碍或赔偿损失。
• 诉讼主体：以集体名义起诉（如村委会、业主委员会），或由全体成员推选代表起诉。
• 关键证据：
  • 水井的共有权属证明（如集体土地证、建设合同、出资记录）；
  • 霸占行为的证据（如锁门、阻挠他人使用、私接管道等）；
  • 集体协商记录或行政投诉材料（证明已履行前置程序）。
• 诉讼请求：可要求霸占者停止侵害、恢复水井共同使用状态，并赔偿因霸占导致的损失（如维修费用、集体用水不便的损失）。

补充建议

• 预防措施：若水井为集体所有，建议尽快明确管理规则（如制定《水井使用公约》），登记使用人名单，避免未来纠纷。
• 法律援助：若集体经济困难，可向当地法律援助中心申请免费律师协助诉讼。

总结：集体水井被个人霸占，应先协商或投诉，若无效则果断起诉。具体选择需结合霸占行为的严重性、证据充分性及集体行动能力。如有进一步细节（如霸占方式、集体内部意见分歧等），可向我补充说明，我会提供更精准的建议。