结论：在此情况下，是否会对男方进行刑事处罚，取决于具体案情、证据情况以及是否达到刑事责任年龄和构成犯罪的要件，不能仅凭男方承认就直接判定。以下从多个角度进行分析：
一、刑事责任年龄
男方年龄：男方17岁，根据《中华人民共和国刑法》第十七条的规定，已满十六周岁的人犯罪，应当负刑事责任。因此，如果男方的行为构成犯罪，且没有其他免责事由，他应当承担刑事责任。
女方年龄：女方13岁，属于未成年人。如果男方与女方发生性关系，且女方不满十四周岁，无论女方是否自愿，都可能构成强奸罪，因为法律对未成年人的性保护有特殊规定。
二、证据情况
男方承认：男方承认与女方有关系，这是重要的证据之一。然而，在刑事诉讼中，仅凭口供（即犯罪嫌疑人的供述）是不能定罪的，还需要其他证据来佐证，如物证、证人证言、鉴定意见等。
女方否认：女方没有承认与男方有关系，这增加了案件的复杂性。如果缺乏其他证据来支持男方的供述，那么仅凭男方的承认可能难以构成完整的证据链。
三、具体案情与犯罪构成
是否构成强奸罪：如果男方与女方发生性关系时，女方不满十四周岁，且男方明知这一点，那么男方的行为可能构成强奸罪。强奸罪的构成要件包括使用暴力、胁迫或其他手段强行与妇女发生性关系，或者与不满十四周岁的幼女发生性关系（无论幼女是否自愿）。
其他情节：除了年龄因素外，还需要考虑其他情节，如双方的关系、发生性关系的具体情境、是否存在欺骗或诱导等。这些情节都可能影响案件的定性和量刑。
四、法律建议
配合调查：如果男方确实涉及此类案件，建议他积极配合警方的调查，如实陈述事实，不要隐瞒或歪曲真相。
寻求法律帮助：男方及其家属应尽快寻求专业律师的法律帮助，以便更好地了解案件情况、维护自身权益。律师可以根据具体案情提供针对性的法律建议和辩护策略。
尊重法律程序：无论案件结果如何，都应尊重法律程序，接受法律的裁决。如果男方被判定有罪，他应承担相应的法律责任；如果男方被判定无罪或罪轻，他也应珍惜这个机会，重新开始生活。
总结：在此类案件中，是否会对男方进行刑事处罚取决于多个因素的综合考量。如果男方确实涉及犯罪行为且证据充分，那么他可能面临刑事处罚；如果证据不足或存在其他免责事由，则可能不会被处罚。因此，建议男方及其家属积极配合调查、寻求法律帮助，并尊重法律程序。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。