合同由第三方付款在法律上是允许的，但必须满足一定的条件并明确相关条款。这种安排在法律上被称为“向第三人履行的合同”或“利他合同”，其合法性主要基于《中华人民共和国民法典》的相关规定。以下从多个角度进行详细分析：

一、法律依据与合法性

1. 主要依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百二十二条，当事人可以约定由债务人向第三人履行债务。这一条款明确了“向第三人履行的合同”的法律地位，为合同由第三方付款提供了法律依据。
2. 合法行为：只要合同双方达成一致的意思表示，且该意思表示真实、自愿，不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，那么约定由债务人向第三方履行付款义务就是合法的。

二、合同相对性与第三方角色

1. 合同相对性：尽管约定了第三方付款，但合同的当事人仍然是债权人和债务人。第三方并非合同的当事人，只是基于合同约定参与到债务履行的过程中。
2. 第三方的权利和义务：
   • 第三方没有法定的付款义务，其付款是基于合同当事人的约定。
   • 若第三方接受付款并未在合理期限内明确拒绝，且债务人未向其履行债务或履行不符合约定，第三方可以请求债务人承担违约责任。
   • 同时，债务人对债权人的抗辩也可以向第三人主张。

三、违约责任

1. 对债权人的责任：如果债务人未向第三人履行债务或者履行债务不符合约定，债务人应当向债权人承担违约责任。这意味着，即使约定了第三方付款，债权人仍然有权向债务人主张权利。
2. 对第三人的责任：在法律规定或当事人约定的情况下，第三人可以直接请求债务人向其履行债务。若债务人未履行或履行不符合约定，且第三人未在合理期限内明确拒绝，第三人可以请求债务人承担违约责任。

四、合同生效条件

1. 民事行为能力：行为人必须具有相应的民事行为能力，即合同双方及涉及的第三方必须都是具有完全民事行为能力的自然人、法人或其他组织。
2. 真实意思表示：合同的意思表示必须真实，不得存在欺诈、胁迫等情形。这是保证合同内容合法性的关键。
3. 合法性：合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。这是维护社会秩序和公共利益的必要条件。

五、实践中的注意事项

1. 明确约定：合同中应详细列明第三方付款的具体事项，如金额、时间、方式等，以避免后续纠纷。例如，可以明确约定“债务人应于XX年XX月XX日前，将款项XX元支付至第三方XX的账户”。
2. 通知第三方：应及时、明确地通知第三方关于付款的事宜，确保其知晓并理解相关安排。这可以通过书面通知、邮件、短信等方式进行。
3. 审查第三方资质：在约定第三方付款前，应对第三方的资质、信誉进行审查，确保交易的安全性和可靠性。例如，可以要求第三方提供相关的资质证明、信用报告等。
4. 保留证据：在第三方付款过程中，各方应妥善保留相关证据，如付款凭证、通知记录等，以备不时之需。这些证据在后续可能发生的纠纷中具有重要的证明作用。
5. 风险防范：针对可能存在的风险，如第三方无法收款或收款后出现问题等，应在合同中约定相应的风险防范措施和违约责任。例如，可以约定“若第三方未能按时、足额收款，债务人应承担相应的违约责任，并赔偿债权人因此遭受的损失”。

实例说明：假设A公司与B公司签订了一份货物买卖合同，约定由C公司代替A公司向B公司支付货款。在这种情况下，只要三方对此都明确同意并在合同中详细注明相关条款（如付款金额、时间、方式等），且符合合同约定和法律规定（如三方都具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律法规的强制性规定等），那么指定第三方C公司付款就是可行的。但如果C公司未能按约付款，B公司仍有权向A公司主张权利（要求A公司承担违约责任），A公司在承担责任后可再向C公司追偿。

综上所述，合同由第三方付款在法律上是允许的，但需要在合同中明确约定相关条款，并确保合同的有效性、安全性和第三方的意愿。同时，应警惕潜在的法律风险和诈骗风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。