关于合作合同协议中违约方住所地起诉及合同发生地、对方公司能否作为被告的问题，结论如下：
违约方住所地起诉的合法性：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同纠纷案件一般由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。因此，在违约方住所地起诉是合法的，只要该住所地属于合同约定的或法律规定的管辖法院范围。
合同发生地作为管辖地的考量：
- 合同发生地，通常指的是合同签订地或合同履行地。如果合同中明确约定了合同发生地（如合同签订地或履行地）为管辖法院所在地，或者根据法律规定合同履行地法院具有管辖权，那么合同发生地法院是可以受理此类案件的。但需要注意的是，单纯以“合同发生地”这一表述可能不够明确，需要具体看合同中的约定或法律规定来确定具体的管辖法院。
对方公司能否作为被告：
- 在合同纠纷中，如果对方公司是合同的签订方或履行方，且存在违约行为，那么对方公司当然可以作为被告。在起诉时，需要明确被告公司的名称、住所地、法定代表人等信息，并提交相关证据证明被告公司的违约行为。
进一步分析：
管辖法院的选择：
- 在选择管辖法院时，除了考虑被告住所地和合同履行地外，还需要注意合同中是否有特别约定管辖法院。如果合同中有明确的管辖条款，且该条款不违反法律规定，那么应优先按照合同约定来确定管辖法院。
起诉前的准备：
- 在起诉前，需要收集并整理好相关证据，如合同文本、付款凭证、通信记录等，以证明对方公司的违约行为。同时，还需要准备好起诉状等法律文书，明确诉讼请求和事实理由。
诉讼过程中的注意事项：
- 在诉讼过程中，需要遵守法庭纪律，按照法院的要求提交证据和进行辩论。同时，还需要注意诉讼时效的问题，确保在法定的诉讼时效期间内提起诉讼。
建议：
- 如果您在合同纠纷中遇到类似问题，建议首先仔细审查合同条款，特别是关于管辖法院和违约责任的约定。
- 如果合同中没有明确约定管辖法院或约定不明确，可以咨询专业律师，根据具体情况选择合适的管辖法院进行起诉。
- 在起诉前，务必收集好相关证据，并准备好起诉状等法律文书，以确保诉讼的顺利进行。
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