结论：在补签合同中约定双方权利义务自起始日开始，可通过明确合同生效时间、详细约定权利义务条款、设置特别条款以及确保合同形式合法有效等方式实现。以下为详细说明：

1. 明确合同生效时间

   • 在补签合同中，应明确写明“本合同自[起始日]起生效”。这一条款是确定双方权利义务起始时间的关键依据。例如，若合同起始日为2023年1月1日，则在该条款中明确表述“本合同自2023年1月1日起生效”，这样从法律意义上讲，自该日起双方即应按照合同约定履行各自的权利义务。
   • 同时，为了避免歧义，可以在合同中进一步解释说明，虽然合同是后续补签的，但双方均认可自起始日起即存在合同关系，并受合同条款的约束。

2. 详细约定权利义务条款

   • 在合同中，应详细、具体地约定双方在起始日之后各自的权利和义务。权利条款应明确一方有权要求另一方做什么，例如，买方有权要求卖方在起始日后的一定时间内交付符合质量标准的货物；义务条款则应明确一方必须做什么或不得做什么，如卖方有义务按照合同约定的时间、地点和方式交付货物，不得擅自变更交货地点等。
   • 对于权利义务的履行期限、履行方式、履行地点等关键要素，也应作出明确约定。例如，若涉及货款支付，应明确支付的具体时间节点（如起始日后第30天）、支付方式（如银行转账）等。

3. 设置特别条款以处理补签的特殊情况

   • 考虑到合同是补签的，可能会存在一些与正常签订合同不同的情况，如起始日之前双方可能已经有部分履行行为。针对这种情况，可以在合同中设置特别条款进行说明和处理。例如，约定“双方确认，在合同起始日之前，甲方已向乙方支付了部分款项[具体金额]，该款项视为甲方按照本合同约定履行的部分付款义务；乙方在起始日之前已向甲方交付了部分货物[具体数量和规格]，该交付行为视为乙方按照本合同约定履行的部分交货义务”。
   • 还可以设置条款对起始日之前双方的行为进行追溯和确认，明确这些行为是否符合合同约定以及如何处理可能存在的争议。例如，约定“双方同意，对于起始日之前双方的行为，若与本合同约定不一致的，以本合同约定为准；若因此给一方造成损失的，由责任方承担赔偿责任”。

4. 确保合同形式合法有效

   • 补签合同也应符合法律关于合同形式的要求。一般来说，合同可以采用书面形式、口头形式或其他形式，但对于一些特定的合同，如房屋买卖合同、建设工程合同等，法律明确规定必须采用书面形式。因此，在补签合同时，应根据合同类型选择合适的形式，并确保合同内容完整、准确，双方签字或盖章齐全。
   • 如果合同涉及需要办理批准、登记等手续才能生效的情况，如中外合资经营企业合同、中外合作经营企业合同等，应在补签合同后及时按照法律规定办理相关手续，以确保合同的合法有效。

注意事项：在补签合同并约定双方权利义务自起始日开始时，双方应充分沟通、协商，确保合同条款能够真实反映双方的意愿和利益。同时，在签订合同前，建议对合同内容进行仔细审查，必要时可咨询专业律师，以避免潜在的法律风险。如有任何疑问，可直接向我咨询。