结论：建筑公司二级资质承接了6000万的合同，但后来只结算了一千万，这一行为本身不一定会直接导致行政处罚，但可能因资质与合同金额不匹配、合同履行问题等引发一系列法律后果，包括潜在的行政处罚风险。以下从不同角度详细分析：

一、资质与合同金额的匹配性

1. 资质规定：建筑公司的资质等级通常决定了其能够承接的工程规模。如果二级资质的建筑公司承接了超出其资质范围的工程（即6000万的合同可能超出了二级资质的承接范围，具体需参照当地建设行政主管部门的规定），则可能构成违规。

2. 行政处罚风险：若建筑公司确实存在超资质承接工程的行为，建设行政主管部门有权对其进行行政处罚，包括但不限于罚款、责令停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等。

二、合同履行与结算问题

1. 合同履行：建筑公司承接工程后，应按照合同约定履行施工义务。如果因公司自身原因（如资金不足、管理不善等）导致工程无法继续或无法按约定完成，则可能构成违约。

2. 结算问题：合同只结算了一千万，可能涉及多种原因，如工程进度未达预期、质量问题导致扣款、双方协商变更合同金额等。如果结算问题是由于建筑公司违约导致的，那么建筑公司可能需要承担违约责任，但这并不直接等同于行政处罚。

3. 行政处罚的触发条件：行政处罚通常针对的是违反行政法规的行为，如超资质承接工程、未取得施工许可证擅自施工等。而合同履行和结算问题更多涉及的是民事法律关系，通常通过民事诉讼或仲裁来解决。

三、潜在的法律后果与建议

1. 法律后果：

   • 如果建筑公司确实存在超资质承接工程的行为，且被建设行政主管部门查处，将面临行政处罚。
   • 如果合同履行和结算问题引发纠纷，建筑公司可能需要承担民事责任，如赔偿损失、支付违约金等。

2. 建议：

   • 核查资质：建筑公司应首先核查其资质等级是否允许承接6000万的工程，如果不允许，应尽快与发包方协商变更合同或采取其他合法措施。
   • 完善合同：在未来的合同中，应明确约定工程范围、合同金额、结算方式等关键条款，以避免类似纠纷的发生。
   • 积极沟通：如果合同履行和结算出现问题，建筑公司应积极与发包方沟通，寻求妥善解决方案，避免矛盾升级。
   • 寻求法律帮助：如果面临行政处罚或民事纠纷，建筑公司应及时寻求专业律师的帮助，以维护自身合法权益。

总结：建筑公司二级资质承接6000万合同后只结算一千万，这一行为本身不直接导致行政处罚，但可能因资质与合同金额不匹配、合同履行问题等引发一系列法律后果。建筑公司应核查资质、完善合同、积极沟通，并在必要时寻求法律帮助。如有具体法律问题，可直接向我咨询。