公司员工请3个月假是否合法，需根据具体情况综合分析，不能一概而论。以下从不同角度进行详细阐述：
一、法定假期角度
病假：
- 如果员工因患病或非因工负伤需要停止工作进行治疗和休息，根据其实际参加工作年限和在本单位工作年限，享有一定期限的医疗期。在医疗期内，员工请假是合法的。例如，对于实际工作年限10年以下且本单位工作年限5年以下的员工，其医疗期可能为3个月（具体根据地方规定和实际情况确定）。在此期间内，员工请3个月病假是符合法律规定的。
带薪年休假：
- 员工依法享有带薪年休假的权利。根据职工累计工作年限的不同，年休假天数也有所差异。但通常来说，带薪年休假天数较少，难以达到3个月之久。因此，若员工想请3个月假，单纯依靠带薪年休假是不现实的。不过，如果员工将多年未休的年休假集中使用，并加上其他假期（如病假、事假等），有可能达到3个月的总假期。
其他法定假期：
- 如婚假、产假、陪产假、探亲假等，这些假期的时长通常较短，且针对特定情况。因此，它们不太可能单独构成3个月的假期。但员工可以在符合相应条件时，按照法律规定请这些假期，并与其他假期组合使用。
二、用人单位规章制度和员工协商角度
事假：
- 法律对事假的具体时长限制并无明确规定。员工因个人原因需要请假3个月处理私事的，应与用人单位进行充分沟通和协商。若用人单位基于生产经营需要无法批准该请假申请，而员工强行休假，则可能构成旷工等违纪行为。然而，如果用人单位同意了员工的请假申请，并给予了相应的待遇（如事假工资或无薪假期等），则该请假行为是合法的。但需要注意的是，长期事假可能会影响员工的职业发展和与用人单位的关系。
单位特殊规定：
- 用人单位在不违反法律法规的前提下，有权制定关于请假的内部规章制度。这些规章制度可能包括请假的最长时长、请假审批程序等。员工应当遵守单位的规章制度，若未经特殊批准而擅自请假3个月，将不符合单位规定，可能面临相应的纪律处分。
三、特殊情况下的合法性
- 在某些特殊情况下，如员工因工伤需要长期治疗和康复，或者员工因特殊原因（如家庭重大变故等）需要长时间请假处理个人事务，且得到了用人单位的同情和理解，双方可以协商一致后安排员工请假3个月。在这种情况下，请假行为是合法的，但需要确保双方有明确的书面协议或记录。
四、法律建议与风险提示
对于员工而言：
- 在请假前，应充分了解自身享有的法定假期情况，并与用人单位进行充分沟通。
- 如果需要请长时间假（如3个月），应提前与用人单位协商，并尽可能提供合理的请假理由和证明材料。
- 确保请假行为符合用人单位的规章制度和法律法规要求，以避免不必要的法律纠纷。
对于用人单位而言：
- 应建立健全的请假管理制度，明确请假流程与审批权限。
- 在处理员工请假申请时，应充分考虑员工的实际情况和合理需求，并遵循公平、公正、合理的原则。
- 如果员工请假行为违反了法律法规或用人单位的规章制度，应及时采取相应的纪律处分措施，并保留好相关证据材料。
综上所述，公司员工请3个月假是否合法取决于多种因素，包括法定假期、用人单位规章制度、员工协商以及特殊情况等。因此，在处理此类问题时，应综合考虑各种因素并遵循相关法律法规和规章制度要求。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。