在行政诉讼中，如果当事人超过了法定的起诉时效才提起诉讼，法院的处理方式会依据《中华人民共和国行政诉讼法》及其相关司法解释来进行。以下是对这一问题的详细解答：
一、行政诉讼时效的基本规定
首先，我们需要明确行政诉讼的起诉期限。根据《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出，这是基本的起诉期限。当然，法律也规定了特殊情况下的起诉期限，比如对于不动产案件，自行政行为作出之日起超过二十年提起诉讼的，人民法院不予受理；对于其他案件，这一期限为五年。此外，如果行政机关未告知诉权或起诉期限，起诉期限从知道或应当知道之日起计算，但最长不得超过两年。
二、超过行政诉讼时效的法律后果
丧失胜诉权：如果当事人超过了法定的起诉时效提起诉讼，且无法定正当理由，法院将认定原告丧失了获得法律强制保护的权利，即胜诉权。此时，法院会依法判决驳回原告的诉讼请求。
不影响起诉权与实体权利：尽管诉讼时效届满，但并不消灭当事人的起诉权，也不消灭其实体权利。这意味着，即使诉讼时效已过，当事人仍有权向法院提起诉讼，只是可能无法获得胜诉判决。同时，如果义务人自愿履行义务，权利人仍有权接受，且不受诉讼时效限制。
三、正当理由导致的时效中止、中断或延长
在行政诉讼中，虽然有时效规定，但在某些特殊情况下，时效可以被中止、中断或延长。这些情况主要包括：
因不可抗力或其他不属于当事人自身的原因耽误起诉期限的，被耽误的时间不计算在起诉期限内。
因人身自由受到限制而不能提起诉讼的，被限制人身自由的时间不计算在起诉期间内。
公民、法人或其他组织因特殊情况耽误起诉期限，且在障碍消除后十日内申请延长期限的，由人民法院决定是否准许。
四、法院的具体处理方式
立案阶段审查：法院在立案阶段会对原告的起诉是否符合法定条件进行审查，包括是否超过起诉期限。如果原告起诉明显超过法定起诉期限，且没有正当理由，法院可能会直接裁定不予立案。
审理阶段处理：如果案件已经进入审理阶段，被告提出原告起诉超过起诉期限的抗辩，法院会进行审查。经审查认为原告起诉确实超过起诉期限，且没有法定正当事由的，法院会裁定驳回起诉。
五、建议与指导
对于当事人来说，在面对行政诉讼时，应严格遵守时效规定，以确保自身权益得到有效维护。同时，也应关注是否存在可能导致时效中止、中断或延长的正当理由，并在必要时及时向法院提出申请。此外，了解并理解行政诉讼时效的效力范围，有助于当事人更全面地评估自身的法律地位和诉讼风险。
综上所述，行政诉讼时效是行政诉讼制度中的重要组成部分，它旨在督促当事人及时行使权利，维护行政法律关系的稳定和行政管理秩序。因此，当事人在提起行政诉讼时，务必注意时效问题，以免因超过时效而丧失胜诉权。