可以申请，但需要满足一定条件并履行相应手续。具体分析如下：

1. 法律认可的代理关系
   根据《民法典》第161条，民事主体可通过代理人实施民事法律行为。若配偶作为代理人签署租房协议，需满足：
   

• 授权明确：需提供您本人签署的授权委托书（载明代理事项、权限、期限），或通过视频、书面等方式明确授权配偶代签；
  
• 房东认可：房东需同意由配偶代签协议（可在协议中注明“承租人配偶XXX代签”或补充授权声明）；
  
• 实际履行：租金支付、房屋使用等行为需与协议主体一致，避免因表见代理问题产生纠纷。

1. 营业执照申请的关联性
   市场监管部门审核营业执照时，主要关注经营场所的合法性及产权证明，对租房协议签署人无强制要求，但需满足：
   

• 产权清晰：需提供房东的房产证或购房合同复印件；
  
• 协议有效：租房协议需包含房屋地址、租赁期限、用途（需注明“商业用途”或“经营用途”）等关键条款；
  
• 一致性原则：若协议签署人为配偶，需补充您与配偶的婚姻关系证明（如结婚证），并说明配偶代签的合法性（如授权委托书）。

1. 实务建议
   

• 优先本人签署：若条件允许，建议由您本人签署租房协议，避免后续因代理手续瑕疵影响营业执照申请；
  
• 完善代理手续：若必须由配偶代签，需同步准备授权委托书、婚姻关系证明等材料，并在协议中明确代签事宜；
  
• 咨询当地市场监管部门：不同地区对经营场所证明的要求可能存在差异，建议提前向拟申请营业执照的市场监管部门确认材料清单。

总结：配偶代签租房协议不影响营业执照申请，但需通过授权委托书、房东认可等方式确保代理行为合法有效，并同步准备婚姻关系证明等材料。如有进一步疑问，可直接向我咨询。